prikaz prve stranice dokumenta Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni
  Preuzmi
PDF 1.85 MB
diplomski rad
Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2023. urn:nbn:hr:159:909094
Vasari, Karla
Sveučilište u Zagrebu
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
Zavod za biokemijsko inženjerstvo
Kabinet za bioinformatiku

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta u Zagrebu

Citirajte ovaj rad

Vasari, K. (2023). Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094

Vasari, Karla. "Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094

Vasari, Karla. "Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094

Vasari, K. (2023). 'Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, citirano: 11.01.2025., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094

Vasari K. Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet; 2023 [pristupljeno 11.01.2025.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094

K. Vasari, "Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094
Podaci o radu
NaslovGenske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni
Naslov (engleski)Biosynthetic gene clusters for the production of secondary metabolites in the genomes of Pseudomonas bacteria: identification of inhibition mechanisms of pathogenic water molds
AutorKarla Vasari
MentorJurica Žučko (mentor)
MentorAna Bielen (pomoć pri izradi, neposredni voditelj)
Član povjerenstvaMarina Cvjetko Bubalo (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaAna Bielen (član povjerenstva)
Član povjerenstvaJanko Diminić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
(Zavod za biokemijsko inženjerstvo)
(Kabinet za bioinformatiku)
Zagreb
Datum i država obrane2023-12-21, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Biotehnologija
Sažetak
Patogene vodene plijesni Aphanomyces astaci i Saprolegnia parasitica uzročnici su velikih šteta u akvakulturi pa je potrebno razviti ekološki prihvatljive metode njihove kontrole. Cilj ovog rada bio je in silico metodama identificirati biosintetske genske nakupine (engl. Biosynthetic Gene Clusters, BGC) za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas. Sekvencirano je devet genoma okolišnih Pseudomonas izolata, od kojih je za šest ranije utvrđeno da inhibiraju A. astaci i/ili S. parasitica, a tri nisu pokazivala inhibicijski učinak. Nakon sastavljanja i analize genoma odabrana su dva filogenetski srodna izolata, inhibitor P. cerasi PL3-3 i ne-inhibitor P. syringae AT16-2, za identifikaciju BGC-a. U oba genoma je identificirano najviše BGC-a za proizvodnju siderofora (3) i lipopeptidnih biosurfaktanata (2). Kod inhibitora su pronađeni BGC za proizvodnju siringolina A, secimida, peptida FR901228, ektoina i neidentificiranog NRP-a, a kod neinhibitora nisu pa se može pretpostaviti da su ovi spojevi ključni za inhibicijsku aktivnost izolata P. cerasi PL3-3.
Sažetak (engleski)
The pathogenic water moulds Aphanomyces astaci and Saprolegnia parasitica cause major losses in aquaculture, making it necessary to develop environmentally friendly control methods. The aim of this study was to identify in silico biosynthetic gene clusters (BGC) in the genomes of Pseudomonas bacteria that produce secondary metabolites. Nine genomes of Pseudomonas isolates were sequenced, six of which had previously shown an inhibitory effect on A. astaci and/or S. parasitica and three of which showed no inhibitory effect. After genome assembly and analysis, two phylogenetically related isolates, the inhibitor P. cerasi PL3-3 and the non-inhibitor P. syringae AT16- 2, were selected for the identification of BGCs. In both genomes, most BGCs were identified for the production of siderophores (3) and lipopeptide biosurfactants (2). BGCs producing syringolin A, secimide, peptide FR901228, ectoine and unidentified NRP were found in the inhibitor but not in the non-inhibitor, suggesting that these compounds may be crucial for the inhibitory activity of the P. cerasi PL3-3 isolate.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:159:909094
Studijski programNaziv: Molekularna biotehnologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka molekularne biotehnologije (mag. ing. biotechn.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Imenovanje-Bez prerada 4.0 međunarodna (CC BY-ND 4.0)
Datum i vrijeme pohrane2024-06-05 07:56:13