prikaz prve stranice dokumenta Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita
Access restricted to students and staff of home institution
master's thesis
Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2012. urn:nbn:hr:217:687847
Sumić, Sara
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Biology

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Sumić, S. (2012). Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847

Sumić, Sara. "Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2012. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847

Sumić, Sara. "Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2012. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847

Sumić, S. (2012). 'Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 25 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847

Sumić S. Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2012 [cited 2024 November 25] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847

S. Sumić, "Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2012. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847

Metadata
TitleRačunalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita
Title (english)Computational characterisation of transcription factor complexes regulating erythroid differentiation
AuthorSara Sumić
MentorBoris Lenhard (mentor)
MentorKristian Vlahoviček (mentor)
Committee memberBoris Lenhard (predsjednik povjerenstva)
Committee memberKristian Vlahoviček (član povjerenstva)
Committee memberIta Gruić Sovulj (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Biology)
Zagreb
Defense date and country2012-01-30, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Biology
Abstract
Transkripcijski faktori putem proteinskih i protein-DNA interakcija sudjeluju u stvaranju proteinskih kompleksa vezanih za DNA, koji reguliraju transkripciju ciljnih gena potrebnih za diferencijaciju eritrocita. Tehnologija ChIP-seq (engl. Chromatin Immunoprecipitation-sequencing) omogućuje identifikaciju veznih mjesta transkripcijskih faktora u genomu, a vezna mjesta različitih transkripcijskih faktora i kofaktora na istovjetnim genomskim položajima upućuje na postojanje proteinskog kompleksa u kojem sudjeluju dani transkripcijski faktori. Računalna analiza ChIP-seq podataka predstavljena u ovom radu je omogućila karakterizaciju sastava kompleksa u kojem sudjeluje 14 ispitivanih transkripcijskih faktora, i to na razini genoma MEL-stanica (engl. Murine Erythroleukemia), koje predstavljaju model za proučavanje diferencijacije eritrocita. Genomski položaji kompleksa su uspoređeni s položajem diferencijalno eksprimiranih gena tijekom diferencijacije MEL-stanica kako bi se identificirali njihovi potencijalni ciljni geni, kao i regulacijska uloga svakog kompleksa. Rezultati rada su potvrdili postojanje prethodno utvrđenih funkcionalnih kompleksa transkripcijskih faktora, kao i niz novih, te otkrili njihove potencijalne uloge u regulaciji ekspresije gena tijekom diferencijacije eritrocita.
Abstract (english)
Transcription factors (TFs) interact with each other and DNA to form multiprotein complexes that modulate transcription rate of target genes during differentiation of erythroid progenitors into mature erythrocytes. Chromatin immunoprecipitation (ChIP), followed by high-throughput sequencing (ChIP-seq) allows the DNA binding locations of individual TFs to be mapped genome-wide, and the co-occurence of the binding locations of different TFs and transcriptional cofactors indicates their involment in a TF complex. Computational approach to the analysis of ChIP-seq datasets presented in this work was used to characterize the composition of TF complexes genome-wide, formed by 14 TFs before and after differentiation of MEL cells - a model system for erythroid differentiation. Genome locations of the identified complexes were associated with gene expression profiles during differentiation of MEL cells, obtained by computational analysis of RNA-seq datasets, and enabled identification of potential target genes. I was able to confirm the known functional types of TF complexes among the 14 TFs, and also discover new types of complexes and suggest their regulatory roles in erythroid differentiation.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:687847
Study programmeTitle: Molecular Biology
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra molekularne biologije (magistar/magistra molekularne biologije)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsAccess restricted to students and staff of home institution
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2017-05-02 11:37:39