prikaz prve stranice dokumenta Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita
Pristup korisnicima matične ustanove
diplomski rad
Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2012. urn:nbn:hr:217:687847
Sumić, Sara
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Sumić, S. (2012). Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847

Sumić, Sara. "Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2012. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847

Sumić, Sara. "Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2012. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847

Sumić, S. (2012). 'Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 22.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847

Sumić S. Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2012 [pristupljeno 22.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847

S. Sumić, "Računalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2012. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:687847
Podaci o radu
NaslovRačunalna karakterizacija kompleksa transkripcijskih faktora s ulogom u regulaciji diferencijacije eritrocita
Naslov (engleski)Computational characterisation of transcription factor complexes regulating erythroid differentiation
AutorSara Sumić
MentorBoris Lenhard (mentor)
MentorKristian Vlahoviček (mentor)
Član povjerenstvaBoris Lenhard (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaKristian Vlahoviček (član povjerenstva)
Član povjerenstvaIta Gruić Sovulj (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2012-01-30, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Transkripcijski faktori putem proteinskih i protein-DNA interakcija sudjeluju u stvaranju proteinskih kompleksa vezanih za DNA, koji reguliraju transkripciju ciljnih gena potrebnih za diferencijaciju eritrocita. Tehnologija ChIP-seq (engl. Chromatin Immunoprecipitation-sequencing) omogućuje identifikaciju veznih mjesta transkripcijskih faktora u genomu, a vezna mjesta različitih transkripcijskih faktora i kofaktora na istovjetnim genomskim položajima upućuje na postojanje proteinskog kompleksa u kojem sudjeluju dani transkripcijski faktori. Računalna analiza ChIP-seq podataka predstavljena u ovom radu je omogućila karakterizaciju sastava kompleksa u kojem sudjeluje 14 ispitivanih transkripcijskih faktora, i to na razini genoma MEL-stanica (engl. Murine Erythroleukemia), koje predstavljaju model za proučavanje diferencijacije eritrocita. Genomski položaji kompleksa su uspoređeni s položajem diferencijalno eksprimiranih gena tijekom diferencijacije MEL-stanica kako bi se identificirali njihovi potencijalni ciljni geni, kao i regulacijska uloga svakog kompleksa. Rezultati rada su potvrdili postojanje prethodno utvrđenih funkcionalnih kompleksa transkripcijskih faktora, kao i niz novih, te otkrili njihove potencijalne uloge u regulaciji ekspresije gena tijekom diferencijacije eritrocita.
Sažetak (engleski)
Transcription factors (TFs) interact with each other and DNA to form multiprotein complexes that modulate transcription rate of target genes during differentiation of erythroid progenitors into mature erythrocytes. Chromatin immunoprecipitation (ChIP), followed by high-throughput sequencing (ChIP-seq) allows the DNA binding locations of individual TFs to be mapped genome-wide, and the co-occurence of the binding locations of different TFs and transcriptional cofactors indicates their involment in a TF complex. Computational approach to the analysis of ChIP-seq datasets presented in this work was used to characterize the composition of TF complexes genome-wide, formed by 14 TFs before and after differentiation of MEL cells - a model system for erythroid differentiation. Genome locations of the identified complexes were associated with gene expression profiles during differentiation of MEL cells, obtained by computational analysis of RNA-seq datasets, and enabled identification of potential target genes. I was able to confirm the known functional types of TF complexes among the 14 TFs, and also discover new types of complexes and suggest their regulatory roles in erythroid differentiation.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:687847
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2017-05-02 11:37:39