prikaz prve stranice dokumenta Clustering i klasifikacija proteinskih nizova
  Download
PDF 430.87 KB
master's thesis
Clustering i klasifikacija proteinskih nizova
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2022. urn:nbn:hr:217:867979
Višek, Ivana
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Mathematics

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Višek, I. (2022). Clustering i klasifikacija proteinskih nizova (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:867979

Višek, Ivana. "Clustering i klasifikacija proteinskih nizova." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:867979

Višek, Ivana. "Clustering i klasifikacija proteinskih nizova." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:867979

Višek, I. (2022). 'Clustering i klasifikacija proteinskih nizova', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 03 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:867979

Višek I. Clustering i klasifikacija proteinskih nizova [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2022 [cited 2024 November 03] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:867979

I. Višek, "Clustering i klasifikacija proteinskih nizova", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2022. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:867979

Metadata
TitleClustering i klasifikacija proteinskih nizova
Title (english)Clustering and classification of protein sequences
AuthorIvana Višek
MentorPavle Goldstein (mentor)
Committee memberPavle Goldstein (predsjednik povjerenstva)
Committee memberHrvoje Planinić (član povjerenstva)
Committee memberBojan Basrak (član povjerenstva)
Committee memberMea Bombardelli (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Mathematics)
Zagreb
Defense date and country2022-07-20, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Mathematics
Abstract
Problematika ovog rada je nenadzirana klasifikacija niza motiva nekog proteina. Prelaskom u vektorski prostor želi se motive klasificirati ovisno o tome jesu li dovoljno slični upitu ili nisu. Razvijena metoda traži najgušću kuglu sa zadanim radijusom. Testiranje točnosti radijusa je provedeno nad podacima u kojima se zna je li motiv TP ili nije. Određeno je težište svih TP, ta točka je uzeta kao središte kugle zadanog radijusa te rezultati pokazuju da je radijus zaista optimalan. Zatim, prolaskom po svim točkama te traženjem najgušće kugle u podacima, dobije se kugla s neravnomjerno raspoređenim podacima unutar nje. Kako bi podaci bili ravnomjerno raspršeni oko središta, središte se pomakne na težište točaka koje se nalaze unutar kugle. Taj korak se ponavlja 5 puta te metoda staje pronalaskom težišta koje se sljedećom iteracijom ne pomiče.
Abstract (english)
This thesis is concerned with unsupervised classification of protein motifs. Using standard methods, the problem is reduced to some geometrical considerations - searching for the optimal n-dimensional ball - in a certain Euclidean space. The radius of the n-ball has been derived previously, and we test that it is, indeed, the optimal solution. We develop a method for optimizing the center of the ball and test it on four standard plant proteomes, with very good results.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:867979
Study programmeTitle: Mathematical Statistics
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra matematike (magistar/magistra matematike)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2022-09-16 09:00:50