prikaz prve stranice dokumenta Adaptivna laboratorijska evolucija bakterije Geobacillus thermoglucosidasius u uvjetima ekstremnog okoliša
Embargo period 2025-09-02
master's thesis
Adaptivna laboratorijska evolucija bakterije Geobacillus thermoglucosidasius u uvjetima ekstremnog okoliša
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2024. urn:nbn:hr:217:147622
Saraga, Ivana
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Biology

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Saraga, I. (2024). Adaptivna laboratorijska evolucija bakterije Geobacillus thermoglucosidasius u uvjetima ekstremnog okoliša (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:147622

Saraga, Ivana. "Adaptivna laboratorijska evolucija bakterije Geobacillus thermoglucosidasius u uvjetima ekstremnog okoliša." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:147622

Saraga, Ivana. "Adaptivna laboratorijska evolucija bakterije Geobacillus thermoglucosidasius u uvjetima ekstremnog okoliša." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:147622

Saraga, I. (2024). 'Adaptivna laboratorijska evolucija bakterije Geobacillus thermoglucosidasius u uvjetima ekstremnog okoliša', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 27 December 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:147622

Saraga I. Adaptivna laboratorijska evolucija bakterije Geobacillus thermoglucosidasius u uvjetima ekstremnog okoliša [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2024 [cited 2024 December 27] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:147622

I. Saraga, "Adaptivna laboratorijska evolucija bakterije Geobacillus thermoglucosidasius u uvjetima ekstremnog okoliša", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2024. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:147622

Metadata
TitleAdaptivna laboratorijska evolucija bakterije Geobacillus thermoglucosidasius u uvjetima ekstremnog okoliša
Title (english)Adaptive laboratory evolution of bacterium Geobacillus thermoglucosidasius in extreme enironmental conditions
AuthorIvana Saraga
MentorIvan Mijaković (mentor)
MentorDamjan Franjević (komentor)
Committee memberDamjan Franjević (predsjednik povjerenstva)
Committee memberTomislav Ivanković (član povjerenstva)
Committee memberGoran Klobučar (član povjerenstva)
Committee memberJosip Skejo (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Biology)
Zagreb
Defense date and country2024-09-02, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Biology
Abstract
Kako bi se smanjila koncentracija CO2 u zraku, znanstvenici pokušavaju koristiti bakterije kao stanične tvornice koje bi hvatale dodatni CO2 te pomoću procesa mineralizacije ga “reciklirale” i kasnije koristili u različitim granama industrije. Ovaj rad se bazira na adaptivnoj laboratorijskoj evoluciji tri soja bakterije Geobacillus thermoglucosidasius. Ova termofilna i gram-pozitivna bakterija može rasti pri maksimalnoj vrijednosti pH od 8.5 te temperaturi od 70°C. U ovom je istraživanju provedena adaptivna laboratorijska evolucija na okoliš gdje prevladava alkalni pH (>8.5) te temperatura viša od 70°C: uvjeti koji odgovaraju ugljičnoj anhidrazi. To je esencijalno jer je jednom od korištenih sojeva pomoću genetske modifikacije ugljična anhidraza, enzim koji hvata ugljik, pričvršćena za staničnu stijenku. Također, jedan je od ciljeva bio i usporediti efikasnost protokola rađenog ručno s automatiziranim protokolom. Rezultati su pokazali 4 zajedničke mutacije na genima šest replika dobivenih ručno rađenim protokolom zbog adaptacije na pH 9.1. Replike dobivene automatiziranim protokolom su imale 4 zajedničke mutacije na jednoj skupini sojeva i 1 na drugoj. Dostignuti pH je 9.01. Adaptivna laboratorijska evolucija se još jednom dokazala korisnom za optimizaciju staničnih tvornica za industrijsku upotrebu te se ručno rađeni protokol dokazao efikasnijim od automatiziranog.
Abstract (english)
To fight high CO2 emissions scientists are trying to use bacteria as cell factories to capture extra CO2 via mineralisation to “recycle” it and use it in different industries. This study aimed to use adaptive laboratory evolution on three strains of Geobacillus thermoglucosidasius. This thermophilic and gram-positive bacterium can grow at a maximum of 8.5 pH and 70°C temperature. One of the strains was genetically modified to express a carbonic anhydrase, the enzyme that enables carbon capture, anchored to its cell wall. The goal was to adapt these strains to an environment that is defined by alkaline pH (> 8.5) and temperature higher than 70°C: the conditions that favour carbonic anhydrase activity. We also wanted to compare the efficiency of a manually performed protocol versus automation. The results demonstrated 4 common mutations among 6 manually executed replicates that managed to adapt to 9.1 pH. Automatically performed replicates reached a maximum pH of 9.01 and had 4 common mutations for one set of replicates and 1 common mutation for the second set. Overall, adaptive laboratory evolution once more proved useful for optimizing cell factories for industrial applications and the manual protocol performed better than the automatic one.
Keywords
Keywords (english)
Languageenglish
URN:NBNurn:nbn:hr:217:147622
Study programmeTitle: Experimental Biology-University graduate programme
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: sveučilišni/a magistar/magistra eksperimentalne biologije (sveučilišni/a magistar/magistra eksperimentalne biologije)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsEmbargoed access
Embargo expiration date: 2025-09-02
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2024-09-16 15:52:33