prikaz prve stranice dokumenta Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode
  Download
PDF 3.73 MB
doctoral thesis
Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2014. urn:nbn:hr:217:345197
Vlahović, Ines
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Physics

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Vlahović, I. (2014). Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode (Doctoral thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197

Vlahović, Ines. "Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode." Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2014. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197

Vlahović, Ines. "Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode." Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2014. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197

Vlahović, I. (2014). 'Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode', Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 23 December 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197

Vlahović I. Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode [Doctoral thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2014 [cited 2024 December 23] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197

I. Vlahović, "Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode", Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2014. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197

Metadata
TitleIdentifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode
Title (english)Identification of higher-order periodicity in insect Tribolium castaneum using computational grm method
AuthorInes Vlahović
MentorVladimir Paar (mentor)
Committee memberMatko Glunčić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberVladimir Paar (član povjerenstva)
Committee memberĐurđica Ugarković (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Physics)
Zagreb
Defense date and country2014-10-29, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Physics
Universal decimal classification
(UDC)		53 - Physics
Abstract
Koristeći računalnu metodu GRM, Global Repeat Map, u disertaciji sam analizirala genom insekta Tribolium castaneum, malog brašnara, kako bih identificirala periodičnosti višega reda (HOR-ove). Uz algoritme za detekciju tandemne DNK, koji rade na principu dinamičkih matrica poravnanja, kompresije podataka, mapiranja u numeričku sekvencu i FFT (Fast Fourier Transform), naša metoda čini učinkovit alat za analizu DNK sekvence. Prednost korištene metode, GRM, je u direktnom mapiranju DNK simboličke sekvence u frekventnu domenu stvarajući globalnu mapu te preko kompletnog ansambla „ključnih riječi“, s obzirom da nema ulaznih parametara, može identificirati repeticije svih duljina bez obzira da li postoje devijacije kopija od savršenog uzorka. Pomoću ove metode identificirala sam veliki broj periodičnosti višega reda u insektu T. castaneum koje su karakteristične za sisavce. Te periodičnosti višega reda zasnivaju se na monomerima duljina ~360 bp što su zapravo često istraživani sateliti insekta T.castaneum. Identifikacija HOR-ova je bitna za daljnja istraživanja regulatornih uloga tj. ekspresiji gena i u mehanizmima evolucijskog razvoja.
Abstract (english)
With GRM computational method, in thesis, I have analyzed insect Tribolium castaneum genome, in order to identify higher order repeats (HORs). Along the other algorithms for detection of tandem repeats, which works on principles of dynamical matrix alignments, data compression, mapping sequence in numerical one and Fast Fourier Transform, our method is effective tool for analysis a DNA sequence. Advantage of GRM method is in direct mapping of symbolic DNA sequence in frequency domain making global map and with the complete assemble of “key words”, with no input parameters, it can detect repeats of all lengths in spite of copy deviations of perfect sample. With this method I have identified a great number of higher order repeats in insect T.castaneum, which are characteristic for mammals. Those HORs are assembled from monomers of length ~360 bp, which are often investigated satellites of insect T.castaneum. Identification of HOR’s is relevant for further investigations of regulatory roles ie. gene expression and mechanisms of evolution development.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:345197
Study programmeTitle: Physics
Study programme type: university
Study level: postgraduate
Academic / professional title: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje fizika (doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje fizika)
Type of resourceText
Extent 119 str.
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2017-08-23 08:39:17