prikaz prve stranice dokumenta Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode
  Preuzmi
PDF 3.73 MB
disertacija
Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2014. urn:nbn:hr:217:345197
Vlahović, Ines
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Fizički odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Vlahović, I. (2014). Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode (Disertacija). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197

Vlahović, Ines. "Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode." Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2014. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197

Vlahović, Ines. "Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode." Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2014. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197

Vlahović, I. (2014). 'Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode', Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 04.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197

Vlahović I. Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode [Disertacija]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2014 [pristupljeno 04.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197

I. Vlahović, "Identifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode", Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2014. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:345197
Podaci o radu
NaslovIdentifikacija periodičnosti višega reda u insektu Tribolium castaneum pomoću računalne grm metode
Naslov (engleski)Identification of higher-order periodicity in insect Tribolium castaneum using computational grm method
AutorInes Vlahović
MentorVladimir Paar (mentor)
Član povjerenstvaMatko Glunčić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaVladimir Paar (član povjerenstva)
Član povjerenstvaĐurđica Ugarković (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Fizički odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2014-10-29, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Fizika
Univerzalna decimalna klasifikacija
(UDC)		53 - Fizika
Sažetak
Koristeći računalnu metodu GRM, Global Repeat Map, u disertaciji sam analizirala genom insekta Tribolium castaneum, malog brašnara, kako bih identificirala periodičnosti višega reda (HOR-ove). Uz algoritme za detekciju tandemne DNK, koji rade na principu dinamičkih matrica poravnanja, kompresije podataka, mapiranja u numeričku sekvencu i FFT (Fast Fourier Transform), naša metoda čini učinkovit alat za analizu DNK sekvence. Prednost korištene metode, GRM, je u direktnom mapiranju DNK simboličke sekvence u frekventnu domenu stvarajući globalnu mapu te preko kompletnog ansambla „ključnih riječi“, s obzirom da nema ulaznih parametara, može identificirati repeticije svih duljina bez obzira da li postoje devijacije kopija od savršenog uzorka. Pomoću ove metode identificirala sam veliki broj periodičnosti višega reda u insektu T. castaneum koje su karakteristične za sisavce. Te periodičnosti višega reda zasnivaju se na monomerima duljina ~360 bp što su zapravo često istraživani sateliti insekta T.castaneum. Identifikacija HOR-ova je bitna za daljnja istraživanja regulatornih uloga tj. ekspresiji gena i u mehanizmima evolucijskog razvoja.
Sažetak (engleski)
With GRM computational method, in thesis, I have analyzed insect Tribolium castaneum genome, in order to identify higher order repeats (HORs). Along the other algorithms for detection of tandem repeats, which works on principles of dynamical matrix alignments, data compression, mapping sequence in numerical one and Fast Fourier Transform, our method is effective tool for analysis a DNA sequence. Advantage of GRM method is in direct mapping of symbolic DNA sequence in frequency domain making global map and with the complete assemble of “key words”, with no input parameters, it can detect repeats of all lengths in spite of copy deviations of perfect sample. With this method I have identified a great number of higher order repeats in insect T.castaneum, which are characteristic for mammals. Those HORs are assembled from monomers of length ~360 bp, which are often investigated satellites of insect T.castaneum. Identification of HOR’s is relevant for further investigations of regulatory roles ie. gene expression and mechanisms of evolution development.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:345197
Studijski programNaziv: Fizika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: poslijediplomski doktorski
Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje fizika (dr. sc.)
Vrsta resursaTekst
Opseg 119 str.
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2017-08-23 08:39:17