prikaz prve stranice dokumenta Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori
  Download
PDF 2.38 MB
master's thesis
Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2018. urn:nbn:hr:217:772159
Bošnjaković, Marta
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Biology

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Bošnjaković, M. (2018). Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159

Bošnjaković, Marta. "Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159

Bošnjaković, Marta. "Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159

Bošnjaković, M. (2018). 'Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 03 January 2025, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159

Bošnjaković M. Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2018 [cited 2025 January 03] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159

M. Bošnjaković, "Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2018. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159

Metadata
TitleUtjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori
Title (english)The influence of phosphate on conformation change of the active sites of purine nucleoside phosphorylase from Helicobacter pylori
AuthorMarta Bošnjaković
MentorZoran Štefanić (mentor)
MentorBiljana Balen (sumentor)
Committee memberBiljana Balen (član povjerenstva)
Committee memberŽeljka Vidaković-Cifrek (član povjerenstva)
Committee memberVesna Benković (član povjerenstva)
Committee memberSilvija Černi (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Biology)
Zagreb
Defense date and country2018-03-12, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Biology
Abstract
Hp-PNP (purinska nukleozidna fosforilaza iz Helicobacter pylori) je ključni enzim pomoćnog metaboličkog puta purina u bakteriji H. pylori. Katalizira fosforolitičko cijepanje glikozidne veze u purinskim nukleotidima. Protein je homoheksamer sa 6 aktivnih mjesta u dvije moguće konformacije: zatvorenoj (neophodnoj za odvijanje katalize) i otvorenoj. Cilj rada je bio provjeriti dolazi li do vezanja fosfata (jednog od dva supstrata Hp-PNP) u aktivna mjesta enzima, namakanjem kristala u otopinama s rastućom koncentracijom fosfata i utjecaj tog vezanja na konformaciju aktivnog mjesta. Opisan je postupak transformacije bakterija Escherichia coli vektorom s ugrađenim deoD genom za Hp-PNP protein, prekomjerna ekspresija, pročišćavanje kromatografskim metodama, mikrokristalizacijski eksperimenti, te određivanje i utočnjavanje strukture proteina metodom rendgenske difrakcije. Određene su dvije strukture dobivene iz različitih koncentracija fosfata. U strukturi s višom koncentracijom fosfata došlo je do vezanja fosfata u 5 od 6 aktivnih mjesta, ali niti u jednom nije došlo do zatvaranja aktivnog mjesta. U strukturi s nižom koncentracijom fosfata nije došlo do njegovog vezanja i također su sva aktivna mjesta ostala otvorena. Ove strukture su prve određene strukture Hp-PNP u kojima vezanje fosfata nije dovelo do promjene konformacije, čime je pokazano da to nije dovoljan uvjet za zatvaranje aktivnog mjesta kod Hp-PNP enzima.
Abstract (english)
Hp-PNP (purine nucleoside phosphorylase from Helicobacter pylori) is the key enzyme of salvage pathway of purines in H. pylori. It catalyzes phosphorolitic cleavage of the glycosidic bond in purine nucleotides. The protein is a homohexamer with 6 active sites in two possible conformations: closed (essential for catalysis) and open. The aim of the study was to determine phosphate binding (one of two substrates of Hp-PNP) by soaking the crystals in solutions with increasing phosphate concentration, and its effect on the conformation of the active sites. This thesis describes transformation of Escherichia coli bacteria with deoD gene coding for Hp-PNP, protein over-expression, cromatography purification, micro-crystallization experiments and X-ray structure determination and refinement. Two structures were obtained from different phosphate concentrations. In the structure with higher phosphate concentration, phosphate binding occurred in 5 out of 6 active sites, but none of the active sites were closed. In the structure with lower phosphate concentration there was no binding and all active sites remained open. These structures are the first determined Hp-PNP structures in which the binding of phosphate did not lead to a change of conformation, thus indicating that this is not sufficient condition for closing of the active site in Hp-PNP enzyme.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:772159
Study programmeTitle: Molecular Biology
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra molekularne biologije (magistar/magistra molekularne biologije)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Embargo expiration date: 2018-06-12
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2018-05-04 11:28:28