prikaz prve stranice dokumenta Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori
  Preuzmi
PDF 2.38 MB
diplomski rad
Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. urn:nbn:hr:217:772159
Bošnjaković, Marta
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Bošnjaković, M. (2018). Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159

Bošnjaković, Marta. "Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159

Bošnjaković, Marta. "Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159

Bošnjaković, M. (2018). 'Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 04.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159

Bošnjaković M. Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2018 [pristupljeno 04.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159

M. Bošnjaković, "Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2018. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:772159
Podaci o radu
NaslovUtjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori
Naslov (engleski)The influence of phosphate on conformation change of the active sites of purine nucleoside phosphorylase from Helicobacter pylori
AutorMarta Bošnjaković
MentorZoran Štefanić (mentor)
MentorBiljana Balen (sumentor)
Član povjerenstvaBiljana Balen (član povjerenstva)
Član povjerenstvaŽeljka Vidaković-Cifrek (član povjerenstva)
Član povjerenstvaVesna Benković (član povjerenstva)
Član povjerenstvaSilvija Černi (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2018-03-12, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Hp-PNP (purinska nukleozidna fosforilaza iz Helicobacter pylori) je ključni enzim pomoćnog metaboličkog puta purina u bakteriji H. pylori. Katalizira fosforolitičko cijepanje glikozidne veze u purinskim nukleotidima. Protein je homoheksamer sa 6 aktivnih mjesta u dvije moguće konformacije: zatvorenoj (neophodnoj za odvijanje katalize) i otvorenoj. Cilj rada je bio provjeriti dolazi li do vezanja fosfata (jednog od dva supstrata Hp-PNP) u aktivna mjesta enzima, namakanjem kristala u otopinama s rastućom koncentracijom fosfata i utjecaj tog vezanja na konformaciju aktivnog mjesta. Opisan je postupak transformacije bakterija Escherichia coli vektorom s ugrađenim deoD genom za Hp-PNP protein, prekomjerna ekspresija, pročišćavanje kromatografskim metodama, mikrokristalizacijski eksperimenti, te određivanje i utočnjavanje strukture proteina metodom rendgenske difrakcije. Određene su dvije strukture dobivene iz različitih koncentracija fosfata. U strukturi s višom koncentracijom fosfata došlo je do vezanja fosfata u 5 od 6 aktivnih mjesta, ali niti u jednom nije došlo do zatvaranja aktivnog mjesta. U strukturi s nižom koncentracijom fosfata nije došlo do njegovog vezanja i također su sva aktivna mjesta ostala otvorena. Ove strukture su prve određene strukture Hp-PNP u kojima vezanje fosfata nije dovelo do promjene konformacije, čime je pokazano da to nije dovoljan uvjet za zatvaranje aktivnog mjesta kod Hp-PNP enzima.
Sažetak (engleski)
Hp-PNP (purine nucleoside phosphorylase from Helicobacter pylori) is the key enzyme of salvage pathway of purines in H. pylori. It catalyzes phosphorolitic cleavage of the glycosidic bond in purine nucleotides. The protein is a homohexamer with 6 active sites in two possible conformations: closed (essential for catalysis) and open. The aim of the study was to determine phosphate binding (one of two substrates of Hp-PNP) by soaking the crystals in solutions with increasing phosphate concentration, and its effect on the conformation of the active sites. This thesis describes transformation of Escherichia coli bacteria with deoD gene coding for Hp-PNP, protein over-expression, cromatography purification, micro-crystallization experiments and X-ray structure determination and refinement. Two structures were obtained from different phosphate concentrations. In the structure with higher phosphate concentration, phosphate binding occurred in 5 out of 6 active sites, but none of the active sites were closed. In the structure with lower phosphate concentration there was no binding and all active sites remained open. These structures are the first determined Hp-PNP structures in which the binding of phosphate did not lead to a change of conformation, thus indicating that this is not sufficient condition for closing of the active site in Hp-PNP enzyme.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:772159
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Datum isteka embarga: 2018-06-12
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2018-05-04 11:28:28