prikaz prve stranice dokumenta Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa
  Download
PDF 3.59 MB
master's thesis
Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2015. urn:nbn:hr:217:719027
Ilić, Krunoslav
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Biology

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Ilić, K. (2015). Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027

Ilić, Krunoslav. "Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027

Ilić, Krunoslav. "Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027

Ilić, K. (2015). 'Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 25 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027

Ilić K. Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2015 [cited 2024 November 25] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027

K. Ilić, "Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2015. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027

Metadata
TitleRačunalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa
Title (english)Computational investigation of acyl-CoA thioesterase I (TesA) from the bacteria Pseudomonas aeruginosa in complexes with ibuprofen and naproxen derivatives
AuthorKrunoslav Ilić
MentorBranimir Bertoša (mentor)
Committee memberBranimir Bertoša (predsjednik povjerenstva)
Committee memberMartina Šeruga Musić (član povjerenstva)
Committee memberIvana Ivančić Baće (član povjerenstva)
Committee memberKristian Vlahoviček (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Biology)
Zagreb
Defense date and country2015-05-28, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Biology
Abstract
GDSL hidrolaze su relativno slabo istražena porodica enzima. Karakterizira ih GDSL strukturni motiv koji se nalazi oko serina katalitičke trijade. Odlikuje se izraženim supstratnim promiskuitetom što ih čini zanimljivim područjem istraživanja, kako zbog fundamentalnog značaja, tako i zbog potencijalne primjene u farmaceutskoj i biotehnološkoj industriji. Jedan od enzima iz te porodice je Acil-CoA tioesteraza I (TesA) iz patogene bakterije Pseudomonas aeruginosa koji je istraživan u ovome radu. Računalnim metodama prilagođenim istraživanju biokemijskih sustava, prvenstveno Monte Carlo konformacijskom pretragom i simulacijama molekulske dinamike, istražena je mogućnost produktivnog vezanja derivata ibuprofena i naproksena u aktivno mjesto enzima TesA. Pronađene su ključne interakcije za vezanje navedenih supstrata u aktivno mjesto enzima te interakcije koje se razlikuju između enatiomera istog lijeka. Računalno je istražen utjecaj mutacije L78F na enatioselektivnost enzima prema istraženim derivatima ibuprofena i naproksena. Produktivno vezanje utvrđeno je za derivat R-ibuprofena sa divljim tipom i mutantom enzima TesA te za derivat R-naproksena sa mutiranim enzimom. Također, pronađen je hidrofobni džep u blizini aktivnog mjesta enzima važan za vezanje supstrata i opisane su nevezne interakcije enzima i kovalentnog intermedijera supstrata potrebne za katalitičku reakciju te utjecaj mutacije L78F na navedene interakcije.
Abstract (english)
GDSL hydrolases are relatively poorly described enzyme family. They contain a GDSL structural motif centered around nucleophilic serine from catalytic triad. They are characterized by substrate promiscuity, which makes them an interesting area of research, both for fundamental scientific value and potential uses in pharmaceutic and biotech industry. One of the enzymes from that family shown to be an interesting research target is Acyl-CoA thioesterase (TesA) from Pseudomonas aeruginosa, which was studied in this thesis. Computational biochemistry methods, primarily Monte Carlo conformational search and molecular dynamics simulations, were used to test possibilities of catalytically productive substrate binding for ibuprofen and naproxen derivatives. Key interactions for active site binding were identified, as well as differences in binding between enantiomers of the same compound. Amino acid mutation L78F was introduced in silico and its effect on substrate binding and enantioselectivity was computationally assessed. Productive binding was obtained for R-ibuprofen derivate, both with wild-type enzyme and L78F mutant, as well as for R-naproxen derivate with mutated enzyme. Hydrophobic cavity for substrate binding was found in vicinity of the enzyme active site and non-bonding interactions required for catalysis were described, as well as the effect of L78F mutation on those interactions.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:719027
Study programmeTitle: Molecular Biology
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra molekularne biologije (magistar/magistra molekularne biologije)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2017-04-21 10:40:13