prikaz prve stranice dokumenta Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa
  Preuzmi
PDF 3.59 MB
diplomski rad
Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2015. urn:nbn:hr:217:719027
Ilić, Krunoslav
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Ilić, K. (2015). Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027

Ilić, Krunoslav. "Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027

Ilić, Krunoslav. "Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027

Ilić, K. (2015). 'Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 18.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027

Ilić K. Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2015 [pristupljeno 18.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027

K. Ilić, "Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2015. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:719027
Podaci o radu
NaslovRačunalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa
Naslov (engleski)Computational investigation of acyl-CoA thioesterase I (TesA) from the bacteria Pseudomonas aeruginosa in complexes with ibuprofen and naproxen derivatives
AutorKrunoslav Ilić
MentorBranimir Bertoša (mentor)
Član povjerenstvaBranimir Bertoša (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMartina Šeruga Musić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaIvana Ivančić Baće (član povjerenstva)
Član povjerenstvaKristian Vlahoviček (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2015-05-28, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
GDSL hidrolaze su relativno slabo istražena porodica enzima. Karakterizira ih GDSL strukturni motiv koji se nalazi oko serina katalitičke trijade. Odlikuje se izraženim supstratnim promiskuitetom što ih čini zanimljivim područjem istraživanja, kako zbog fundamentalnog značaja, tako i zbog potencijalne primjene u farmaceutskoj i biotehnološkoj industriji. Jedan od enzima iz te porodice je Acil-CoA tioesteraza I (TesA) iz patogene bakterije Pseudomonas aeruginosa koji je istraživan u ovome radu. Računalnim metodama prilagođenim istraživanju biokemijskih sustava, prvenstveno Monte Carlo konformacijskom pretragom i simulacijama molekulske dinamike, istražena je mogućnost produktivnog vezanja derivata ibuprofena i naproksena u aktivno mjesto enzima TesA. Pronađene su ključne interakcije za vezanje navedenih supstrata u aktivno mjesto enzima te interakcije koje se razlikuju između enatiomera istog lijeka. Računalno je istražen utjecaj mutacije L78F na enatioselektivnost enzima prema istraženim derivatima ibuprofena i naproksena. Produktivno vezanje utvrđeno je za derivat R-ibuprofena sa divljim tipom i mutantom enzima TesA te za derivat R-naproksena sa mutiranim enzimom. Također, pronađen je hidrofobni džep u blizini aktivnog mjesta enzima važan za vezanje supstrata i opisane su nevezne interakcije enzima i kovalentnog intermedijera supstrata potrebne za katalitičku reakciju te utjecaj mutacije L78F na navedene interakcije.
Sažetak (engleski)
GDSL hydrolases are relatively poorly described enzyme family. They contain a GDSL structural motif centered around nucleophilic serine from catalytic triad. They are characterized by substrate promiscuity, which makes them an interesting area of research, both for fundamental scientific value and potential uses in pharmaceutic and biotech industry. One of the enzymes from that family shown to be an interesting research target is Acyl-CoA thioesterase (TesA) from Pseudomonas aeruginosa, which was studied in this thesis. Computational biochemistry methods, primarily Monte Carlo conformational search and molecular dynamics simulations, were used to test possibilities of catalytically productive substrate binding for ibuprofen and naproxen derivatives. Key interactions for active site binding were identified, as well as differences in binding between enantiomers of the same compound. Amino acid mutation L78F was introduced in silico and its effect on substrate binding and enantioselectivity was computationally assessed. Productive binding was obtained for R-ibuprofen derivate, both with wild-type enzyme and L78F mutant, as well as for R-naproxen derivate with mutated enzyme. Hydrophobic cavity for substrate binding was found in vicinity of the enzyme active site and non-bonding interactions required for catalysis were described, as well as the effect of L78F mutation on those interactions.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:719027
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2017-04-21 10:40:13