prikaz prve stranice dokumenta Biokemijska karakterizacija adenilosukcinat-sintetaze bakterije Helicobacter pylori eksperimentalnim i računalnim metodama
  Download
PDF 6.62 MB
doctoral thesis
Biokemijska karakterizacija adenilosukcinat-sintetaze bakterije Helicobacter pylori eksperimentalnim i računalnim metodama
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2021. urn:nbn:hr:217:625124
Bubić, Ante
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Chemistry

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Bubić, A. (2021). Biokemijska karakterizacija adenilosukcinat-sintetaze bakterije Helicobacter pylori eksperimentalnim i računalnim metodama (Doctoral thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:625124

Bubić, Ante. "Biokemijska karakterizacija adenilosukcinat-sintetaze bakterije Helicobacter pylori eksperimentalnim i računalnim metodama." Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:625124

Bubić, Ante. "Biokemijska karakterizacija adenilosukcinat-sintetaze bakterije Helicobacter pylori eksperimentalnim i računalnim metodama." Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:625124

Bubić, A. (2021). 'Biokemijska karakterizacija adenilosukcinat-sintetaze bakterije Helicobacter pylori eksperimentalnim i računalnim metodama', Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 22 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:625124

Bubić A. Biokemijska karakterizacija adenilosukcinat-sintetaze bakterije Helicobacter pylori eksperimentalnim i računalnim metodama [Doctoral thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2021 [cited 2024 November 22] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:625124

A. Bubić, "Biokemijska karakterizacija adenilosukcinat-sintetaze bakterije Helicobacter pylori eksperimentalnim i računalnim metodama", Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2021. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:625124

Metadata
TitleBiokemijska karakterizacija adenilosukcinat-sintetaze bakterije Helicobacter pylori eksperimentalnim i računalnim metodama
Title (english)Biochemical characterization of adenylosuccinate synthetase from Helicobacter pylori using experimental and computational methods
AuthorAnte Bubić
MentorBranimir Bertoša (mentor)
MentorIvana Leščić Ašler (komentor)
Committee memberJasmina Rokov Plavec (predsjednik povjerenstva)
Committee memberBiserka Prugovečki (član povjerenstva)
Committee memberSanja Tomić (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Chemistry)
Zagreb
Defense date and country2021, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Chemistry
Universal decimal classification
(UDC)		54 - Chemistry. Crystallography. Mineralogy
Abstract
Adenilosukcinat-sintetaza (AdSS) je esencijalan enzim u biosintezi purina, i de novo, i reciklirajućim putem. U ovoj disertaciji je računalno i eksperimentalno karakterizirana AdSS iz bakterije Helicobacter pylori koja pripada skupini I kancerogena. Pročišćen je enzim sa i bez histidinskog privjeska na C-kraju. Za oba enzima su određeni specifična aktivnost, temperaturno i pH područje stabilnosti, te kinetički parametri prema supstratima i inhibitorima. Dobiveni rezultati ukazuju na to da dodani histidinski privjesak nema značajan utjecaj na funkciju enzima. Riješena kristalna struktura AdSS pri visokoj rezoluciji, korištena za karakterizaciju enzima računalnim metodama, otkriva stvaranje stabilnog međuprodukta 6'-fosforil-IMP u aktivnom mjestu enzima. Računalnim metodama identificirane su ključne interakcije za stabilizaciju supstrata u aktivnom mjestu. Analiza kristalne strukture i računalna karakterizacija interakcija proteina s ligandima ukazuju na veliku sličnost AdSS iz bakterije H. pylori s AdSS iz vrste Escherichia coli, stoga se može pretpostaviti i sličan mehanizam rada enzima.
Abstract (english)
Adenylosuccinate synthetase (AdSS) is an essential enzyme in de novo and recycling pathway of purine biosynthesis. In this thesis, AdSS from bacterium Helicobacter pylori, a group I carcinogen, was characterized experimentally and computationally. Enzyme with and without histidine tag at the C-terminus was purified. Specific activity, temperature and pH stability range, and kinetic parameters toward substrates and inhibitors were determined for both enzymes. Obtained results indicate that the added histidine tag has no significant effect on enzyme function. Solved crystal structure at high resolution, used to characterize the enzyme computationally, reveals the formation of a stable intermediate 6'-phosphoryl-IMP in the active site. Computational methods were used to identify key interactions for stabilisation of substrates in the active site. Analysis of crystal structure and computational characterization of protein-ligand interactions indicate high similarity of H. pylori AdSS to Escherichia coli AdSS, therefore the similar molecular mechanism for this enzyme can be assumed.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:625124
Promotion2021
ProjectNumber: IP-2013-11-7423
Title: Enzimi purinskog reciklirajućeg ciklusa iz Helicobacter pylori i Escherichie coli
Title: Purine salvage pathway enzymes from Helicobacter pylori and Escherichia coli
Acronym: PSPE
Leader: Marija Luić
Jurisdiction: Croatia
Funder: HRZZ
Funding stream: IP
ProjectNumber: IP-2019-04-6764
Title: Alosterički komunikacijski putevi u oligomernim enzimima
Title: Allosteric communication pathways in oligomeric enzymes
Acronym: ALOKOMP/ALOCOMP
Leader: Zoran Štefanić
Jurisdiction: Croatia
Funder: HRZZ
Funding stream: IP
Study programmeTitle: Doctoral study in chemistry
Study programme type: university
Study level: postgraduate
Academic / professional title: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje kemija (doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje kemija)
Type of resourceText
Extent95 str. ; 30 cm
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2021-09-27 11:58:08