prikaz prve stranice dokumenta Molekularna identifikacija bakterija roda Vibrio iz uzgajališta školjkaša u istočnom Jadranu
  Download
PDF 1.36 MB
undergraduate thesis
Molekularna identifikacija bakterija roda Vibrio iz uzgajališta školjkaša u istočnom Jadranu
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2021. urn:nbn:hr:217:821214
Buha, Tonka
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Biology

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Buha, T. (2021). Molekularna identifikacija bakterija roda Vibrio iz uzgajališta školjkaša u istočnom Jadranu (Undergraduate thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:821214

Buha, Tonka. "Molekularna identifikacija bakterija roda Vibrio iz uzgajališta školjkaša u istočnom Jadranu." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:821214

Buha, Tonka. "Molekularna identifikacija bakterija roda Vibrio iz uzgajališta školjkaša u istočnom Jadranu." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:821214

Buha, T. (2021). 'Molekularna identifikacija bakterija roda Vibrio iz uzgajališta školjkaša u istočnom Jadranu', Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 23 December 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:821214

Buha T. Molekularna identifikacija bakterija roda Vibrio iz uzgajališta školjkaša u istočnom Jadranu [Undergraduate thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2021 [cited 2024 December 23] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:821214

T. Buha, "Molekularna identifikacija bakterija roda Vibrio iz uzgajališta školjkaša u istočnom Jadranu", Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2021. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:821214

Metadata
TitleMolekularna identifikacija bakterija roda Vibrio iz uzgajališta školjkaša u istočnom Jadranu
Title (english)Molecular identification of Vibrio genus bacteria from bivalve aquaculture sites in Eastern Adriatic
AuthorTonka Buha
MentorLorena Perić (mentor)
MentorTomislav Ivanković (sumentor)
Committee memberTomislav Ivanković (predsjednik povjerenstva)
Committee memberJasna Lajtner (član povjerenstva)
Committee memberIvan Šulc (član povjerenstva)
Committee memberHana Fajković (član povjerenstva)
Committee memberZorica Petrinec (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Biology)
Zagreb
Defense date and country2021-09-30, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Biology
Abstract
Rod Vibrio sadrži važne patogene školjkaša i drugih beskralješnjaka, riba i ljudi. Kako bi se očuvalo njihovo zdravlje bitna je njihova identifikacija do razine vrste. Cilj ovog istraživanja je bio identificirati odabrane Vibrio uzorke do razine vrste, odrediti filogenetske odnose i utvrditi sličnosti, tj. razlike u strukturi zajednica Vibrio bakterija između akvakulture školjkaša Limskog kanala i Malostonskog zaljeva. Analizirani su uzorci morske vode, sedimenta kao i tkiva školjkaša mediteranske dagnje (Mytilus galloprovincialis) i europske plosnate kamenice (Ostrea edulis). Metodom lančane reakcije polimerazom (PCR) ciljane su različite kodirajuće regije šest konstitutivno eksprimiranih gena (engl. housekeeping genes) i 16S rRNA. Uzorci su poslani na sekvenciranje nakon čega je provedena metoda multilokusnog sravnjivanja sljedova (MLSA). Za filogenetsku analizu korištene su metode najveće vjerojatnosti i susjednog sparivanja. Eksperimentalni uzorci unutar Harveyi podskupine su se razlučili do razine vrste, a unutar Splendidus podskupine do razine grupacije. Na području uzgajališta školjkaša Limski kanal identificirano je šest vrsta te pet Splendidus grupacija, dok je na području uzgajališta školjkaša Malostonski zaljev identificirano pet vrsta i šest Splendidus grupacija. Dokazana je prisutnost više patogenih i uvjetno patogenih Vibrio vrsta za na području istočnog Jadrana.
Abstract (english)
The genus Vibrio consists of important shellfish and other invertebrate, fish and human pathogens. In order to preserve their health, identification to species level is essential. The aim of this study was to identify selected Vibrio samples to species level, to determine phylogenetic relationships and to determine similarities and differences in the structure of the Vibrio community between the shellfish aquaculture of the Lim Bay and Mali Ston Bay. Samples of seawater, sediments, tissues of Mediterranean mussel (Mytilus galloprovincialis) and European flat oyster (Ostrea edulis) were analyzed. Different coding regions of six housekeeping genes and 16S rRNA were targeted by the polymerase chain reaction (PCR). Samples were sent for sequencing after which a multilocus sequence alignment (MLSA) was performed. For phylogenetic analysis two methods were used: Maximum likelihood and Neighbour-joining. Experimental samples within the Harvey clade were identified to the species level while experimental samples within the Splendidus clade to the grouping level. In Lim Bay, six species and five Splendidus groups have been identified, while five species and six Splendidus groups in Mali Ston Bay. The presence of several pathogenic and conditionally pathogenic Vibrio species in the eastern Adriatic has been proven.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:821214
Study programmeTitle: Environmental Sciences
Study programme type: university
Study level: undergraduate
Academic / professional title: sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) struke znanosti o okolišu (sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) struke znanosti o okolišu)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Embargo expiration date: 2022-09-30
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2021-10-08 10:32:57