prikaz prve stranice dokumenta Provjera točnosti određivanja faze haplotipa putem simuliranih genomskih podataka
Pristup korisnicima matične ustanove
diplomski rad
Provjera točnosti određivanja faze haplotipa putem simuliranih genomskih podataka
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, 2019. urn:nbn:hr:204:265858
Glunčić, Tea
Sveučilište u Zagrebu
Agronomski fakultet
Opće stočarstvo

Institucijski repozitorij: Repozitorij Agronomskog fakulteta u Zagrebu

Citirajte ovaj rad

Glunčić, T. (2019). Provjera točnosti određivanja faze haplotipa putem simuliranih genomskih podataka (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:265858

Glunčić, Tea. "Provjera točnosti određivanja faze haplotipa putem simuliranih genomskih podataka." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:265858

Glunčić, Tea. "Provjera točnosti određivanja faze haplotipa putem simuliranih genomskih podataka." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:265858

Glunčić, T. (2019). 'Provjera točnosti određivanja faze haplotipa putem simuliranih genomskih podataka', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, citirano: 26.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:265858

Glunčić T. Provjera točnosti određivanja faze haplotipa putem simuliranih genomskih podataka [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet; 2019 [pristupljeno 26.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:265858

T. Glunčić, "Provjera točnosti određivanja faze haplotipa putem simuliranih genomskih podataka", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, Zagreb, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:265858

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:265858
Podaci o radu
NaslovProvjera točnosti određivanja faze haplotipa putem simuliranih genomskih podataka
Naslov (engleski)Verefication of haplotype phase accuracy by simulated genomic data
AutorTea Glunčić
MentorMaja Ferenčaković (mentor)
Član povjerenstvaMaja Ferenčaković (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaVlatka Čubrić Čurik (član povjerenstva)
Član povjerenstvaIno Čurik (član povjerenstva)
Član povjerenstvaVladimir Brajković (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Agronomski fakultet
(Opće stočarstvo)
Zagreb
Datum i država obrane2019-09-30, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Poljoprivreda (agronomija)
Sažetak
Imputacija genotipa je termin koji se koristi za opisivanje procesa predviđanja ili umetanja genotipa koji nisu testirani na uzorku pojedinca. To se često koristi za imputaciju cijelokupnog genoma. U radu je ispitano točnost procjenjivanja imputacije. Podaci su simulirani u programskom paketu QMSim. Simulirane su dvije populacije sa 2000 životinja i sa 500 životinja. Kako bi mogli dobro ispitati imputaciju moralo se staviti nedostajući genotipovi. To je rađeno uz pomoć SAS paketa i uz proceduru SURVEYSELECT. Time su dobivena 4 slučaja. Napravljeno je da nedostaju 1500 SNP-ova i 500 SNP-ova. Imputacija je napravljena u programskom paketu AlphaImpute. On može imputaciju vršiti na dva načina. Uz pomoć pedigrea i HMM. Na kraju je dobiveno osam scenarija u kojima se ispitivala točnost imputacije na temelju koliko je SNP-ova imputirano i ovisno o tome na koji model je imputiranje izvršeno.
Sažetak (engleski)
Genotype imputation is the ultimate used to describe the process of predicting or inserting genotypes that have not been tested on an individual sample. It is often used to impute the entire genome. The accuracy of imputation estimation is examined in the paper. The data were simulated in the QMSim software package. Two populations with 2000 animals and 500 animals were simulated. To be able to test the imputation accuracy they missing genotypes had to be inserted. That was done using the SAS package and procedure SURVEYSELECT. With this we got 4 cases. 1500 SNPs and 500 SNPs were missing. Imputation was made in the AlphaImpute software package. There are two ways to perform imputation. With the help of pedigree and HMM. Finally, 8 scenarios were obtained in which the imputation accuracy test was performed based on how many SNPs were imputed and depending on which model the imputation was performed.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:204:265858
Studijski programNaziv: Genetika i oplemenjivanje životinja
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/ magistra inženjer/inženjerka genetike i oplemenjivanja životinja (mag. ing. agr.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2019-11-19 09:57:14