prikaz prve stranice dokumenta Procjena DNA ROH segmenta pomoću metode skrivenog Markovljevog modela
Pristup korisnicima matične ustanove
diplomski rad
Procjena DNA ROH segmenta pomoću metode skrivenog Markovljevog modela
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, 2019. urn:nbn:hr:204:839564
Katić, Iva
Sveučilište u Zagrebu
Agronomski fakultet
Opće stočarstvo

Institucijski repozitorij: Repozitorij Agronomskog fakulteta u Zagrebu

Citirajte ovaj rad

Katić, I. (2019). Procjena DNA ROH segmenta pomoću metode skrivenog Markovljevog modela (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:839564

Katić, Iva. "Procjena DNA ROH segmenta pomoću metode skrivenog Markovljevog modela." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:839564

Katić, Iva. "Procjena DNA ROH segmenta pomoću metode skrivenog Markovljevog modela." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:839564

Katić, I. (2019). 'Procjena DNA ROH segmenta pomoću metode skrivenog Markovljevog modela', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, citirano: 28.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:839564

Katić I. Procjena DNA ROH segmenta pomoću metode skrivenog Markovljevog modela [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet; 2019 [pristupljeno 28.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:839564

I. Katić, "Procjena DNA ROH segmenta pomoću metode skrivenog Markovljevog modela", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, Zagreb, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:839564

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:839564
Podaci o radu
NaslovProcjena DNA ROH segmenta pomoću metode skrivenog Markovljevog modela
Naslov (engleski)DNA ROH segment estimation using the hidden Markov model method
AutorIva Katić
MentorMaja Ferenčaković (mentor)
Član povjerenstvaMaja Ferenčaković (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaVlatka Čubrić Čurik (član povjerenstva)
Član povjerenstvaIno Čurik (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Agronomski fakultet
(Opće stočarstvo)
Zagreb
Datum i država obrane2019-09-30, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Poljoprivreda (agronomija)
Sažetak
Run of homozygosity (ROH) se kao dugi neprekidni segmenti homozigotnih genotipova koji omogućuju pouzdanu procjenu razine inbreedinga danas koriste u raznim područjima. Pomoću ROH segmenata otkrivamo učinke autozigotnosti, no nepoznato je koji je program najoptimalniji. U ovom radu procjenjujemo ROH segmente softverom cgaTOH i paketom programa ''R studio'' zvanim ''RZooROH'' koji procjenjuje ROH segmente putem skrivenog Markovljevog Modela (HMM). HMM je model koji funkcionira na način popunjavanja missing SNP-ova, te u ovom radu možemo vidjeti na koji način se to odražava na koeficijent inbreedinga određenog ROH segmenta.
Sažetak (engleski)
Run of homozygosity (ROH) is used as a long continuous segment of homozygous genotypes that allow reliable estimation of the level of inbreeding used in various fields today. Using ROH segments, we detect the effects of autozygosity, but it is unknown which program is the most optimal. In this paper, we evaluate ROH segments by cgaTOH software and an R studio program called "RZooROH" that evaluates runo f homozygosity segments via the hidden Markov Model (HMM). HMM is a model that works by filling in missing SNPs, and in this paper we can see how this reflects on the inbreeding coefficient of a given ROH segment.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:204:839564
Studijski programNaziv: Genetika i oplemenjivanje životinja
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/ magistra inženjer/inženjerka genetike i oplemenjivanja životinja (mag. ing. agr.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2019-11-20 10:59:04