prikaz prve stranice dokumenta Usporedba metoda procjene inbreedinga iz DNA ROH segmenata kod kokoši
Pristup korisnicima matične ustanove
diplomski rad
Usporedba metoda procjene inbreedinga iz DNA ROH segmenata kod kokoši
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, 2020. urn:nbn:hr:204:197528
Bošković, Boško
Sveučilište u Zagrebu
Agronomski fakultet
Opće stočarstvo

Institucijski repozitorij: Repozitorij Agronomskog fakulteta u Zagrebu

Citirajte ovaj rad

Bošković, B. (2020). Usporedba metoda procjene inbreedinga iz DNA ROH segmenata kod kokoši (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:197528

Bošković, Boško. "Usporedba metoda procjene inbreedinga iz DNA ROH segmenata kod kokoši." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:197528

Bošković, Boško. "Usporedba metoda procjene inbreedinga iz DNA ROH segmenata kod kokoši." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:197528

Bošković, B. (2020). 'Usporedba metoda procjene inbreedinga iz DNA ROH segmenata kod kokoši', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, citirano: 20.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:197528

Bošković B. Usporedba metoda procjene inbreedinga iz DNA ROH segmenata kod kokoši [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet; 2020 [pristupljeno 20.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:197528

B. Bošković, "Usporedba metoda procjene inbreedinga iz DNA ROH segmenata kod kokoši", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, Zagreb, 2020. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:197528

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:197528
Podaci o radu
NaslovUsporedba metoda procjene inbreedinga iz DNA ROH segmenata kod kokoši
Naslov (engleski)Comaparison of inbreeding estimating methods from DNA ROH in chicken
AutorBoško Bošković
MentorMaja Ferenčaković (mentor)
Član povjerenstvaMaja Ferenčaković (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaVlatka Čubrić Čurik (član povjerenstva)
Član povjerenstvaZlatko Janječić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Agronomski fakultet
(Opće stočarstvo)
Zagreb
Datum i država obrane2020-09-30, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Poljoprivreda (agronomija)
Sažetak
ROH segmenti (Runs of homozygosity) su dugi neprekinuti nizovi homozigotnosti u genomu na osnovu kojih je moguće procijeniti razinu inbreedinga u populaciji. Iako je genom kokoši jedan od prvih koji je sekvenciran, zbog specifičnosti u odnosu na genom sisavaca nema mnogo radova u kojima se procjenjuje inbreeding kokoši korištenjem genomske informacije. U ovom radu uspoređene su tri različite metode procjene inbreedinga upotrebom programskih paketa: cgaTOH (koristi metodu prebrojavanja), PLINK (metoda klizećeg prozora) i RZooROH (HMM – skriveni Markovljev model). Genomski podaci 40 različitih pasmina kokoši, sedam ekotipova afričkih seoskih kokoši i dvije podvrste divlje kokoši preuzeti su sa online repozitorija. U analizu je ušlo 551 866 SNP-ova. Statistička obrada i vizualizacija dobivenih podataka izvršene su u programskim paketima SAS 9.4 i JMP14. Za utvrđivanje statističke značajnosti korišten je Tukey-Kramer HSD test. Nakon usporedbe dobivenih rezultata zaključuje se da je pri općenitoj procjeni inbreedinga bolje koristiti cgaTOH ili PLINK tj. metode prebrojavanja i klizećeg prozora jer su brže i jednostavnije. Ukoliko je cilj istraživanja ustanoviti dob inbreedinga RZooROH metoda temeljena na skrivenom Markovljevom modelu daje preciznije rezultate pri detektiranju inbreedinga koji se dogodio u bliskoj prošlosti, dok cgaTOH i PLINK preciznije detektiraju manje ROH segmente koji upućuju na inbreeding koji se dogodio davno. RZooROH općenito bolje procjenjuje varijabilnost u odnosu na ostale programske pakete.
Sažetak (engleski)
Runs of homozygosity are long continous stretches of homozygous genome that are used as a tool in calculating population inbreeding level. Although chicken genome was one of the first to be sequenced it's peculiarities in compare to mammalian genome caused that not much research has been done with calculating inbreeding level in chicken using genomic information. In this thesis three different methods were compared using cgaTOH, PLINK and RZooROH program. Genomic data from 40 different breeds, 7 ecotypes of african village chickens and two subspecies of red jungle fowl were downloaded from online repository. 551,866 SNPs were included in the analysis. Statistical processing and visualization of the obtained data were performed in the software packages SAS 9.4 and JMP14. The Tukey-Kramer HSD test was used to determine statistical significance. After comparing the obtained results, it is concluded that it is better to use cgaTOH or PLINK, ie counting and sliding window methods, in the general assessment of inbreeding, because they are faster and simpler. If the aim of the research is to establish the age of inbreeding, the RZooROH method based on the hidden Markov model gives more accurate results in detecting inbreeding that occurred in the recent past, while cgaTOH and PLINK more accurately detect smaller ROH segments indicating inbreeding that occurred long ago. RZooROH generally estimates variability better than other software packages.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:204:197528
Studijski programNaziv: Genetika i oplemenjivanje životinja
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/ magistra inženjer/inženjerka genetike i oplemenjivanja životinja (mag. ing. agr.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2020-11-19 11:37:34