Organizacija kao rezultat procesa organiziranja u području državne uprave ima svoje posebnosti u odnosu na organizaciju na području gospodarskih djelatnosti i drugih područja. Jedna od posebnosti se očituje u činjenici da ustrojstvo nije prepušteno upravljačkom djelu organizacije (ministrima i njihovim zamjenicima i pomoćnicima) već je određeno propisima, odnosno zakonima koji se donose u saboru. Na taj način društvo putem svojih predstavnika u saboru utječe na samu organizaciju kako bi ona bila organizirana na način da što bolje pruža usluge građanima iz svog djelokruga rada. Sustav državne uprave u RH i svaka pojedina organizacija unutar nje je podvedena pod djelovanje propisa i time se smanjuje mogućnost samovolje i otuđenja izvršne vlasti od građana. Upravljačka struktura u tijelima državne uprave je sačinjena od predstavnika političke vlasti, koji su izabrani na parlamentarnim izborima. Slabost takvog sustava očituje s u tome da eventualnom promjenom političke vlasti se mijenja i upravljačka struktura, ali i aktualna politika, što utječe na promjenu ciljeva koje treba ostvariti pojedino tijelo državne uprave. Često smo suočeni sa činjenicama da promjene upravljačke strukture nije ograničena na državne dužnosnike nego i na više rukovodeće službenike. Na taj način narušava se kontinuitet u stručnom obavljanju poslova i radno iskustvo, znanja i vještine pojedinih rukovodećih službenika koji se mijenjaju ostaje neiskorišteno, što može utjecati na kvalitetu pružanja javne usluge građanima u svim područjima državne uprave. Cjelokupni sustav državne uprave treba biti podređen opravdanim interesima i zahtjevima građana. Državna uprava ne može biti sama sebi svrha nego svoju organizacijsku strukturu treba podrediti okolini u kojoj djeluje.