prikaz prve stranice dokumenta Zapisivanje sličnih sekvenci u obliku grafa
Rad nije dostupan
završni rad
Zapisivanje sličnih sekvenci u obliku grafa
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2021. urn:nbn:hr:168:142406
Strejček, Lucija
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Strejček, L. (2021). Zapisivanje sličnih sekvenci u obliku grafa (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:142406

Strejček, Lucija. "Zapisivanje sličnih sekvenci u obliku grafa." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:142406

Strejček, Lucija. "Zapisivanje sličnih sekvenci u obliku grafa." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:142406

Strejček, L. (2021). 'Zapisivanje sličnih sekvenci u obliku grafa', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 14.01.2025., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:142406

Strejček L. Zapisivanje sličnih sekvenci u obliku grafa [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2021 [pristupljeno 14.01.2025.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:142406

L. Strejček, "Zapisivanje sličnih sekvenci u obliku grafa", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2021. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:142406

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:142406
Podaci o radu
NaslovZapisivanje sličnih sekvenci u obliku grafa
Naslov (engleski)Storing Similar Sequences in Graph Format
AutorLucija Strejček
MentorKrešimir Križanović (mentor)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaFilip Bosnić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaJosip Marić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2021-07-02, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Poravnanje više sekvenci jedan je od najvažnijih alata u bioinformatici i ima dugu povijest istraživanja u računarstvu i bioinformatici. Proizvedeni podatci sekvenciranja najčešće predstavljaju sekvence DNA, RNA i proteina te je od velike važnosti pronaći način pohrane takvih sekvenci koji će zahtijevati manje diskovnog prostora, ali omogućiti efikasno pretraživanje. Rješenje problema je pohrana više sekvenci pomoću grafa poravnanja parcijalnog uređaja (POA). Prvi korak prilikom poravnanja više sekvenci je izgradnja grafa iz prve zadane sekvence tako da svako slovo sekvence predstavlja jedan čvor. Zatim se svaka sljedeća sekvenca poravnava na taj graf koristeći modificirani Needleman-Wunch algoritam gdje svaki čvor ovisi o svim svojim prethodnicima u grafu. Ovdje je predstavljen algoritam poravnanja sličnih sekvenci u obliku grafa poravnanja parcijalnog uređaja koji omogućuje jednostavnije i točnije poravnanje više sekvenci te poravnanje nove sekvence na postojeći graf.
Sažetak (engleski)
Multiple sequence alignment is one of the most important tools in bioinformatics and has a long history of research in computing and bioinformatics. The produced sequencing data most often represent DNA, RNA and protein sequences, and it is of great importance to find a way to store such sequences that will require less disk space, but allow efficient search. The solution is to store multiple sequences using a partial order alignment graph (POA). The first step in aligning multiple sequences is to construct a graph from the first given sequence so that each letter of the sequence represents one node. Then each subsequent sequence is aligned to that graph using a modified Needleman-Wunch algorithm where each node depends on all its predecessors in the graph. Here, a sequence alignment algorithm in the form of a partial order alignment graph is presented, which enables simpler and more accurate alignment of multiple sequences and alignment of a new sequence to an existing graph.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:142406
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-01-14 21:43:04