prikaz prve stranice dokumenta Sažimanje skupova genoma korištenjem referentnog genoma
Rad nije dostupan
završni rad
Sažimanje skupova genoma korištenjem referentnog genoma
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2021. urn:nbn:hr:168:280120
Šimičević, Korina
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Šimičević, K. (2021). Sažimanje skupova genoma korištenjem referentnog genoma (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:280120

Šimičević, Korina. "Sažimanje skupova genoma korištenjem referentnog genoma." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:280120

Šimičević, Korina. "Sažimanje skupova genoma korištenjem referentnog genoma." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:280120

Šimičević, K. (2021). 'Sažimanje skupova genoma korištenjem referentnog genoma', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 25.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:280120

Šimičević K. Sažimanje skupova genoma korištenjem referentnog genoma [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2021 [pristupljeno 25.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:280120

K. Šimičević, "Sažimanje skupova genoma korištenjem referentnog genoma", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2021. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:280120

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:280120
Podaci o radu
NaslovSažimanje skupova genoma korištenjem referentnog genoma
Naslov (engleski)Referential compression of genomic data sets
AutorKorina Šimičević
MentorMirjana Domazet-Lošo (mentor)
Član povjerenstvaMirjana Domazet-Lošo (član povjerenstva)
Član povjerenstvaNikica Hlupić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMarina Bagić Babac (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2021-07-01, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Sve bolje, preciznije i pristupačnije metode sekvenciranja uzrokovale su porast potražnje za sekvenciranjem, a time i generiranje sve većih skupova genomskih podataka. Javio se problem učinkovite pohrane podataka koji rješavaju razne metode kompresije. Općenitih metoda kompresije ima mnogo, međutim potrebne su specijalizirane metode koje uzimaju u obzir prirodu podataka koje sažimaju. Hybrid Referential Compression Method (HRCM) je algoritam koji sažima genome zapisane u FASTA formatu te koristi sličnost genoma kako bi ih učinkovito pohranio koristeći referentni genom i tablicu raspršenog adresiranja. U radu sam implementirala pojednostavljenu verziju HRCM algoritma te su napravila analize performansi algoritma u usporedbi s originalnom implementacijom. Također sam napravila dodatne analize performansi ovisno o različitim parametrima korištenim u algoritmu.
Sažetak (engleski)
Increasingly better, more accurate and affordable sequencing methods have caused an increase in the demand for sequencing and thus the generation of ever-increasing sets of genomic data. There is a problem of efficient data storage that is solved by data compression. There are many general-purpose compression methods, but specialized methods are needed to take into account the nature of the data they are compressing. The Hybrid Reference Compression Method (HRCM) is an algorithm that compresses genomes written in FASTA format and exploits genome similarity to efficiently store them using a reference genome and a hash table. In this paper, I implemented a simplified version of the HRCM algorithm and compared its performance to original implementation. Additionally, I performed multiple analyses depending on the different parameters used in the algorithm.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:280120
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-01-14 21:45:40