prikaz prve stranice dokumenta Aplikacija za vizualizaciju i manipulaciju bioinformatičkim podacima
Rad nije dostupan
diplomski rad
Aplikacija za vizualizaciju i manipulaciju bioinformatičkim podacima
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2023. urn:nbn:hr:168:933337
Jurić, Vid
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Jurić, V. (2023). Aplikacija za vizualizaciju i manipulaciju bioinformatičkim podacima (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:933337

Jurić, Vid. "Aplikacija za vizualizaciju i manipulaciju bioinformatičkim podacima." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:933337

Jurić, Vid. "Aplikacija za vizualizaciju i manipulaciju bioinformatičkim podacima." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:933337

Jurić, V. (2023). 'Aplikacija za vizualizaciju i manipulaciju bioinformatičkim podacima', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 26.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:933337

Jurić V. Aplikacija za vizualizaciju i manipulaciju bioinformatičkim podacima [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2023 [pristupljeno 26.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:933337

V. Jurić, "Aplikacija za vizualizaciju i manipulaciju bioinformatičkim podacima", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:933337

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:933337
Podaci o radu
NaslovAplikacija za vizualizaciju i manipulaciju bioinformatičkim podacima
Naslov (engleski)Application for Visualization and Manipulation of Bioinformatics Data
AutorVid Jurić
MentorKrešimir Križanović (mentor)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMarko Subašić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaBoris Milašinović (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2023-07-11, Hrvatska
Sažetak
Zadnjih dvadeset godina donijelo je značajan napredak u području tehnologija za sekvenciranje, kako u kvaliteti proizvedenih podataka, tako i u dostupnosti i pristupačnosti sekvenciranja. Usporedno su postale dostupne i velike količine bioinformatičkih podataka kroz nekoliko značajnih baza podataka kao što su NCBI RefSeq, Ensembl i ENA. Zbog izrazito velike količine podataka, vizualizacija je neophodna. U sklopu ovog rada potrebno je napisati aplikaciju za vizualizaciju različitih vrsta bioinformatičkih podataka koje će omogućiti i manipulaciju tim podacima. Potrebno je vizualizirati podatke o referentnim genomima (FASTA format), mapiranja i poravnanja (SAM i BAM formati), varijante (VCF format) te anotacije gena (GFF, GTF, BED formati). Aplikacija treba omogućiti i operacije za izmjenu i filtriranje podataka kao i snimanje izmijenjenih/filtriranih podataka. Potrebno je implementirati sljedeće operacije: Filtriranje svih vrsta podataka prema poziciji i kvaliteti, kopiranje pojedinih podataka u međuspremnik, filtriranje varijanti po dodatnim kriterijima te primjenu varijanti na referencu. Rješenje treba biti napisano kao web aplikacija. Programski kod je potrebno komentirati i pri pisanju pratiti neki od standardnih stilova. Napisati iscrpne upute za instalaciju i izvođenje.
Sažetak (engleski)
Sequencing technology has advanced significantly during the past 20 years, both in terms of the quality of the data produced and in terms of its availability and accessibility. Large amounts of bioinformatic data were also made available at the same time through a number of significant databases, including NCBI RefSeq, Ensemble, and ENA. Visualization is crucial because of the vast amount of data. The goal of this assignment is to write an application for viewing various forms of bioinformatics data and manipulating that data. Reference genomes (in FASTA format), mappings and alignments (in SAM and BAM formats), variations (in VCF format), and gene annotations (in GFF, GTF, and BED formats) must all be visualized. The application must also support operations that modify and filter data, as well as the recording of such operations. The following procedures must be implemented: sorting all types of data by location and quality; copying specific pieces of data to the clipboard; sorting variants by additional criteria; and applying variations to references. The final solution should be a web application. Programming code must be well documented and should follow some common writing styles. A detailed installation and usage instruction must also be written.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:933337
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-10-11 09:12:49