prikaz prve stranice dokumenta Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja
Rad nije dostupan
završni rad
Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2023. urn:nbn:hr:168:950816
Kocijan, Martin Josip
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Kocijan, M. J. (2023). Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950816

Kocijan, Martin Josip. "Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950816

Kocijan, Martin Josip. "Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950816

Kocijan, M. J. (2023). 'Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 24.05.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950816

Kocijan MJ. Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2023 [pristupljeno 24.05.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950816

M. J. Kocijan, "Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950816

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950816
Podaci o radu
NaslovBrzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja
Naslov (engleski)Rapid overlapping Single Molecule High-Fidelity Sequencing Data
AutorMartin Josip Kocijan
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaRafael Josip Penić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaFilip Tomas (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2023-07-05, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Pacific Biosciences nedavno je predstavio novi protokol visokopouzdanog sekvenciranja molekula DNA (engl. HiFi), koji omogućuje točne fragmente dugih o\v{c}itanja s minimalnim brojem pogrešaka. Ovaj rad istražuje algoritme koji su manje osjetljivi na pogreške, koristeći vrhunsku točnost i duljinu HiFi podataka. Ovaj pristup uključuje prilagodbu postojećih kao i razvoj novih preklapajućih algoritama prikladnih za paralelizam u C++-u. Dobiveno rješenje ubrzava proces pronalaženja preklapanja fragmenata i preklapanja prema referentnom genomu. Procjenjujemo izvedbu, točnost i učinkovitost ispitanih algoritama, uspoređujući ih sa suvremenim metodama u upotrebi.
Sažetak (engleski)
Pacific Biosciences recently introduced a novel high-fidelity (HiFi) sequencing protocol, enabling accurate long-read fragments with minimal errors. This thesis investigates algorithms that are less error-sensitive, leveraging the superior accuracy and length of HiFi data. This approach involves adapting existing or developing novel overlapping algorithms suitable for parallel architectures in C++. The resulting solution speeds up the process of finding fragment overlaps and mapping against a reference genome. We holistically evaluate the performance, accuracy, and efficiency of the algorithms examined, comparing them to state-of-the-art methods in use.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:950816
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-10-11 09:19:21