prikaz prve stranice dokumenta Parametrizirani odabir srodnih proteinskih sljedova u svrhu procjene starosti gena
Rad nije dostupan
diplomski rad
Parametrizirani odabir srodnih proteinskih sljedova u svrhu procjene starosti gena
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2023. urn:nbn:hr:168:451749
Ribarić, Antea
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Ribarić, A. (2023). Parametrizirani odabir srodnih proteinskih sljedova u svrhu procjene starosti gena (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:451749

Ribarić, Antea. "Parametrizirani odabir srodnih proteinskih sljedova u svrhu procjene starosti gena." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:451749

Ribarić, Antea. "Parametrizirani odabir srodnih proteinskih sljedova u svrhu procjene starosti gena." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:451749

Ribarić, A. (2023). 'Parametrizirani odabir srodnih proteinskih sljedova u svrhu procjene starosti gena', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 26.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:451749

Ribarić A. Parametrizirani odabir srodnih proteinskih sljedova u svrhu procjene starosti gena [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2023 [pristupljeno 26.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:451749

A. Ribarić, "Parametrizirani odabir srodnih proteinskih sljedova u svrhu procjene starosti gena", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:451749

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:451749
Podaci o radu
NaslovParametrizirani odabir srodnih proteinskih sljedova u svrhu procjene starosti gena
Naslov (engleski)Parametrized selection of related protein sequences required for the estimation of gene age
AutorAntea Ribarić
MentorMirjana Domazet-Lošo (mentor)
Član povjerenstvaMirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaTomislav Jagušt (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDanijel Mlinarić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2023-07-03, Hrvatska
Sažetak
U ovom radu je provedena filostratigrafska analiza kako bi se odredila starost gena Homo sapiensa u usporedbi s drugim eukariotskim organizmima. Kao temelj filostratigrafije korišteni su bioinformatički alati MMseqs2 i BLAST za pretragu sličnosti gena. Analizirano je kretanje starosti gena s obzirom na graničnu E-vrijednost te je dodan novi uvjet za određivanje statističkog značaja pogodaka, dinamički prag lažne homologije. Sklonost lažnoj homologiji je procijenjena pretragom sličnosti nad reverznom ciljnom bazom. Rezultati su pokazali da je alat BLAST skloniji lažnoj homologiji u usporedbi s alatom MMseqs2, a određene starosti gena su se pokazale kao robusne i nisu značajno ovisile o odabiru granične E-vrijednosti.
Sažetak (engleski)
In this paper, a phylostratigraphic analysis was implemented to determine the age of Homo sapiens genes in comparison with other eukaryotic organisms. Bioinformatics tools MMseqs2 and BLAST were used as the basis of phylostratigraphy to search for gene similarity. The age distribution of genes was analysed with regard to the E-value threshold, and a new criterion was added for determining the statistical significance of hits, the dynamic threshold of false homology. The propensity for false homology was assessed by a similarity search over the reverse target base. The results showed that BLAST is more prone to false homology compared to the MMseqs2, and estimated gene ages were shown to be robust and not significantly dependent on the choice of E-value cut-off.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:451749
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-10-11 10:20:38