prikaz prve stranice dokumenta Identifikacija RNA izoformi iz grafa transkripata
Rad nije dostupan
diplomski rad
Identifikacija RNA izoformi iz grafa transkripata
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2015. urn:nbn:hr:168:950171
Pavlović, Dario
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Pavlović, D. (2015). Identifikacija RNA izoformi iz grafa transkripata (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950171

Pavlović, Dario. "Identifikacija RNA izoformi iz grafa transkripata." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950171

Pavlović, Dario. "Identifikacija RNA izoformi iz grafa transkripata." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950171

Pavlović, D. (2015). 'Identifikacija RNA izoformi iz grafa transkripata', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 09.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950171

Pavlović D. Identifikacija RNA izoformi iz grafa transkripata [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2015 [pristupljeno 09.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950171

D. Pavlović, "Identifikacija RNA izoformi iz grafa transkripata", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2015. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950171

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:950171
Podaci o radu
NaslovIdentifikacija RNA izoformi iz grafa transkripata
Naslov (engleski)Splice Isoform Identification from Transcript Graphs
AutorDario Pavlović
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaDamir Seršić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMladen Vučić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2015-07-03, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Mjerenje relativnih količina RNA transkripata u uzorku može biti vrlo važno za različite primjene u biologiji i medicini. Sekvenciranje sljedeće generacije postaje primarno korištena tehnologija za omogućavanje takvih analiza pružanjem osnovnih podataka o uzorku. U ovome radu, prezentirao sam statistički model procjene količine RNA koji koristi očitanja sekvenciranja sljedeće generacije s ciljem pronalaženja optimalnih vrijednosti relativnih količina. isomorph, programska implementacija ovog modela je opisana u radu. isomorph pokušava pronaći maksimum funkcije izglednosti po parametrima koji predstavljaju relativne nivoe prisutnosti transkripata u uzorku. Testiranje je pokazalo da za očitanja bez parova, isomorph ima zadovoljavajuću točnost, dok za očitanja u parovima pokazuje potrebu za dodatnim poboljšanjima performansi. Dostupan je na https://github.com/darxsys/isomorph.
Sažetak (engleski)
Providing a measure of abundances of different RNA transcripts in a sample can be very important in many different biological or medical studies. Next-generation sequencing is becoming a technology of choice for providing fundamental data for such analyses. In this work, I have presented an RNA abundance estimation model that uses next-generation RNA-Seq reads to estimate optimal relative transcript abun- dance values. isomorph, a software implementation of this method is presented and explained. isomorph tries to maximize a likelihood function with regards to isoform abundance levels to provide an optimal estimate of relative transcript abun- dances in a sample. Testing has shown that for single-end reads, isomorph performs well, while paired-end data performance should be more improved. It is available at https://github.com/darxsys/isomorph.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:950171
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2018-02-06 11:07:03