prikaz prve stranice dokumenta Alat za poravnanje dugačkih očitanja
Rad nije dostupan
završni rad
Alat za poravnanje dugačkih očitanja
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2015. urn:nbn:hr:168:586716
Ratković, Marko
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Ratković, M. (2015). Alat za poravnanje dugačkih očitanja (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:586716

Ratković, Marko. "Alat za poravnanje dugačkih očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:586716

Ratković, Marko. "Alat za poravnanje dugačkih očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:586716

Ratković, M. (2015). 'Alat za poravnanje dugačkih očitanja', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 09.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:586716

Ratković M. Alat za poravnanje dugačkih očitanja [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2015 [pristupljeno 09.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:586716

M. Ratković, "Alat za poravnanje dugačkih očitanja", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2015. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:586716

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:586716
Podaci o radu
NaslovAlat za poravnanje dugačkih očitanja
Naslov (engleski)Long read aligner
AutorMarko Ratković
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaAndrej Novak (član povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2015-07-13, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Poravnavanje bioloških sljedova predstavlja jedan od najstarijih i najviše istraživanih problema u bioinformatici. Cilj je identificirati slične regije koje mogu predstavljati funkcionalnu, strukturalnu ili evolucijsku vezu između dvaju organizama. Neprekidnim razvojem tehnologije napreduju i uređaji za sekvenciranje te su moguća sve duža očitanja. Javlja se potreba za razvojem alata koji će moći poravnati takva dugačka očitanja koja potencijalno mogu imati i visok postotak greške. U ovom radu je predloženo jednostavno rješenje koje problem svodi na problem izdvajanja iz ulaznog slijeda kandidatnih regija korištenjem vrijednosti LCSk++ dvaju podnizova. U radu je dat algoritam, implementacijski detalji razvijenog alate te usporedba s postojećim alatima.
Sažetak (engleski)
Sequence allimgent is one of the first and most researched problems in bioinformatics. It is used to identify the regions of similarity that may indicate functional, structural or evolutionary relationship between two organisms With the advancement of technology, sequencing machines are constantly improving and they are producing longer and longer reads. Need for new aligners that are able to work with those long error-prone exists. This Thesis presents a simple tool that solves the problem of aligning reads by selecting potential regions in a sequence that have higher similarity score. LCSk++ measure between two subsequences is used as similarity score. Described algorithm and implementation details are presented in this Thesis as well as comparison with existing aligners.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:586716
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2018-02-06 11:33:17