prikaz prve stranice dokumenta Alat za poravnavanje genoma
Rad nije dostupan
završni rad
Alat za poravnavanje genoma
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2014. urn:nbn:hr:168:394268
Žuljević, Petar
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Žuljević, P. (2014). Alat za poravnavanje genoma (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:394268

Žuljević, Petar. "Alat za poravnavanje genoma." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2014. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:394268

Žuljević, Petar. "Alat za poravnavanje genoma." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2014. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:394268

Žuljević, P. (2014). 'Alat za poravnavanje genoma', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 26.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:394268

Žuljević P. Alat za poravnavanje genoma [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2014 [pristupljeno 26.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:394268

P. Žuljević, "Alat za poravnavanje genoma", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2014. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:394268

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:394268
Podaci o radu
NaslovAlat za poravnavanje genoma
Naslov (engleski)Whole-genome alignment tool
AutorPetar Žuljević
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaAna Sović Kržić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaJuraj Petrović (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2014-09-17, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Poravnanje genoma je jedan od većih problema u bioinformatici koji još uvijek nije efikasno riješen. Iako su poznati egzaktni algoritmi kojima bi se moglo doći do optimalnog rješenja, oni se ipak ne koriste jer bi njihovo izvođenje zahtijevalo previše vremena. U radu je opisan alat za poravnanje genoma ostvaren kao višedretveni program u programskom jeziku C++. Alat se bazira na pronalasku identičnih podnizova zadanih genoma pomoću sufiksnog polja, a nakon toga na primjeni algoritma Smith-Waterman na područja u kojima nisu pronađeni MUMovi. Konačan rezultat je grafički prikaz koji prikazuje identične, translatirane i reverzno komplementirane regije u zadanim genomima.
Sažetak (engleski)
Genome alignment is one of the major problems in bioinformatics that still have not been effectively resolved. Although exact algorithms which would give optimal solution are known, they are not used because of their long running time. In this thesis is described tool for genome alignment realized like multithreaded application written in C++. Tool is based on locating identical interval regions in given genomes by using suffix array, and after that by using Smith-Waterman algorithm on regions in which MUMs were not found. Final result is graphical representation of identical, translocated and reverse complemented regions in given genomes.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:394268
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2018-02-06 14:38:24