prikaz prve stranice dokumenta Skriveni Markovljev model za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION
Rad nije dostupan
diplomski rad
Skriveni Markovljev model za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2018. urn:nbn:hr:168:544686
Selak, Ana Marija
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Selak, A. M. (2018). Skriveni Markovljev model za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:544686

Selak, Ana Marija. "Skriveni Markovljev model za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:544686

Selak, Ana Marija. "Skriveni Markovljev model za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:544686

Selak, A. M. (2018). 'Skriveni Markovljev model za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 29.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:544686

Selak AM. Skriveni Markovljev model za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2018 [pristupljeno 29.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:544686

A. M. Selak, "Skriveni Markovljev model za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2018. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:544686

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:544686
Podaci o radu
NaslovSkriveni Markovljev model za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION
Naslov (engleski)Hidden Markov Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads
AutorAna Marija Selak
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaDamir Seršić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2018-03-02, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
MinION je sekvencer treće generacije. Zbog svoje male veličine i prihvatljive cijene popularnost mu raste. Jedna od mana MinION-a, s obzirom na druge sekvencere, viši je postotak greške kod dekodiranja. Kako bi se greška smanjila razvijaju se različiti alati za prevođenje signala u baze. Signali koje proizvede MinION se grupiraju u događaje te se ti događaji prevode u niz bazi. Prvi open-source alat za prevođenje događaja u baze je alat Nanocall. Na temelju Nanocall-a razvijen je alat opisan u ovom radu. Alat koristi Skriveni Markovljev model. Događaji su predstavljeni izlazima iz modela dok su baze predstavljene skrivenim događajima. Za treniranje vjerojatnosti prijelaza između skrivenih stanja koristi se Baum-Welch algoritam. Za treniranje vjerojatnosti između skrivenog stanja i izlaza korišten je algoritam maksimizacije očekivanja. Viterbi algoritam korišten je za dekodiranje. U tijeku je dodavanje poboljšanja kako bi se povisio postotak točnosti.
Sažetak (engleski)
MinION, by Oxford Nanopore Technologies, is a third generation sequencer. Due to its small size and low cost it has become very popular. One of its disadvantages in comparison to more expensive and bigger sequencers is a higher error rate in basecalling. In order to reduce the error new basecallers are being developed. Signals received from the MinION are segmented into a list of events and are then translated into a nucleotide sequence by a basecaller. One of the basecallers is Nanocall, first open source basecaller. Based on the implementation of Nanocall, basecaller described in this work has been made. Implemented basecaller relies on Hidden Markov Model to represent the events as the observations and the nucleotides as the hidden states. It uses Baum-Welch algorithm to update the transition probabilities and Expectation Maximization to update the emission probabilities. Having a trained model, Viterbi algorithm is used to decode the sequence of events. Improvements of the basecaller are still being added in order to lower the error rate.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:544686
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2019-03-14 00:38:00