prikaz prve stranice dokumenta Algorithms for Efficient Alignment-Free Sequence Comparison
Rad nije dostupan
disertacija
Algorithms for Efficient Alignment-Free Sequence Comparison
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2010. urn:nbn:hr:168:377942
Domazet Lošo, Mirjana
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zavod za primijenjeno računarstvo

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Domazet Lošo, M. (2010). Algorithms for Efficient Alignment-Free Sequence Comparison (Disertacija). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:377942

Domazet Lošo, Mirjana. "Algorithms for Efficient Alignment-Free Sequence Comparison." Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2010. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:377942

Domazet Lošo, Mirjana. "Algorithms for Efficient Alignment-Free Sequence Comparison." Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2010. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:377942

Domazet Lošo, M. (2010). 'Algorithms for Efficient Alignment-Free Sequence Comparison', Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 21.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:377942

Domazet Lošo M. Algorithms for Efficient Alignment-Free Sequence Comparison [Disertacija]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2010 [pristupljeno 21.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:377942

M. Domazet Lošo, "Algorithms for Efficient Alignment-Free Sequence Comparison", Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2010. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:377942

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:377942
Podaci o radu
NaslovAlgorithms for Efficient Alignment-Free Sequence Comparison
Naslov (engleski)Algoritmi za učinkovitu usporedbu sekvenci bez korištenja sravnjivanja
AutorMirjana Domazet Lošo
MentorStrahil Ristov (komentor)
MentorBernhard Haubold (komentor)
strani drzavljanin: Nije dostupno
Član povjerenstvaDamir Kalpić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaBernhard Haubold (član povjerenstva)
strani drzavljanin: Nije dostupno
Član povjerenstvaStrahil Ristov (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMirta Baranović (član povjerenstva)
Član povjerenstvaRobert Manger (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
(Zavod za primijenjeno računarstvo)
Zagreb
Datum i država obrane2010-10-07, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Obradba informacija
Univerzalna decimalna klasifikacija
(UDC)		004 - Računalna znanost i tehnologija. Računalstvo. Obrada podataka
Sažetak
Sequence comparison is an essential tool in modern biology. It is used to identify homologous regions between sequences, and to detect evolutionary relationships between organisms. Sequence comparison is usually based on alignments. However, aligning whole genomes is computationally difficult. As an alternative approach, alignment-free sequence comparison can be used. In my thesis, I concentrate on two problems that can be solved without alignment: (i) estimation of substitution rates between nucleotide sequences, and (ii) detection of local sequence homology. In the first part of my thesis, I developed and implemented a new algorithm for the efficient alignment-free computation of the number of nucleotide substitutions per site, and applied it to the analysis of large data sets of complete genomes. In the second part of my thesis, I developed and implemented a new algorithm for detecting matching regions between nucleotide sequences. I applied this solution to the classification of circulating recombinant forms of HIV, and to the analysis of bacterial genomes subject to horizontal gene transfer.
Sažetak (engleski)
Uspoređivanje sekvenci je osnovni alat u modernoj biologiji, a koristi se za pronalaženje homolognih dijelova između sekvenci te za otkrivanje evolucijskih odnosa između organizama. Uspoređivanje je sekvenci obično temeljeno na sravnjivanju. Međutim, sravnjivanje cijelih genoma je računalno zahtijevan postupak. Kao alternativni pristup, mogu se koristiti metode koje ne koriste sravnjivanje sekvenci. U sklopu svoje doktorske disertacije, koristila sam pristup koji ne zahtijeva sravnjivanje sekvenci u rješavanju dvaju problema: (i) procjena brzine supstitucije između nukleotidnih sekvenci; (ii) određivanje lokalne homologije između nukleotidnih sekvenci. U sklopu prvog dijela disertacije razvila sam i implementirala algoritam za učinkovito računanje procjene relativnog broja supstitucija između dviju nukleotidnih sekvenci bez korištenja sravnjivanja, koji sam primijenila za analizu velikih skupova cijelih genoma. U drugom dijelu disertacije razvila sam i implementirala novi algoritam za određivanje jednakih dijelova između nukleotidnih sekvenci. Rješenje sam primijenila za određivanje roditeljskih tipova rekombinantnih oblika virusa HIV te za analizu bakterijskih genoma pod utjecajem horizontalnog prijenosa gena.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:377942
ProjektŠifra: 036-0361983-2012
Naziv: Semantička integracija heterogenih izvorišta podataka
Voditelj: Mirta Baranović
Pravna nadležnost: Hrvatska
Financijer: MZOS
Linija financiranja: ZP
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: poslijediplomski znanstveni (doktorski)
Akademski / stručni naziv: Doktor znanosti (dr. sc.)
URL zapisa u kataloguhttp://lib.fer.hr/cgi-bin/koha/opac-detail.pl?biblionumber=34298
Vrsta resursaTekst
Opseg127 str. ; 30 cm.
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2019-03-20 12:22:53