prikaz prve stranice dokumenta De novo sastavljanje genoma vođeno referencom
Rad nije dostupan
završni rad
De novo sastavljanje genoma vođeno referencom
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. urn:nbn:hr:168:127628
Bakić, Sara
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Bakić, S. (2019). De novo sastavljanje genoma vođeno referencom (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:127628

Bakić, Sara. "De novo sastavljanje genoma vođeno referencom." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:127628

Bakić, Sara. "De novo sastavljanje genoma vođeno referencom." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:127628

Bakić, S. (2019). 'De novo sastavljanje genoma vođeno referencom', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 26.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:127628

Bakić S. De novo sastavljanje genoma vođeno referencom [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2019 [pristupljeno 26.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:127628

S. Bakić, "De novo sastavljanje genoma vođeno referencom", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:127628

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:127628
Podaci o radu
NaslovDe novo sastavljanje genoma vođeno referencom
Naslov (engleski)Task: Reference-Guided de novo Genome Assembly
AutorSara Bakić
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Član povjerenstvaRobert Vaser (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2019-07-12, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
De novo sastavljanje genoma jedan je od najkompleksijih problema u bioinformatici. Brojni su problemi prilikom sastavljanja genoma, uzrokovani, kako biološkim specifičnostima, tako i greškama u procesu sekvenciranja. Probleme stvaraju takozvana ponavljajuća i kimerna očitanja. U ovom radu prikazano je kako detektiranje kimernih i ponavljajućih očitanja uz prikladna postupanja s njima pomaže ispravnom sastavljanju genoma. Prikazane su poteškoće na koje se nailazi prilikom sastavljanja genoma te kako uz postojeće alate minimap2 i Ra i ispravnu detekciju kimernih i ponavljajućih očitanja što bolje sastaviti genom te rezultati testiranja sastavljenosti genoma. Osim toga, pojašnjeni su i formati korištenih podataka te temeljne značajke korištenih alata.
Sažetak (engleski)
De novo genome assembly is one of the most complex problems in Bioinformatics. There are many problems, either caused by biological specificities or mistakes made during sequencing process, that complicate de novo genome assembly process. The problems are mainly caused by chimeric and repeating reads. This thesis describes how detecting and annotating chimeric and repeating reads helps the assembly process. Typical issues that occur during the assembly process and how successful existing tools Ra and minimap2 with the detection of chimeric and repeating reads assembly the reads are shown. Besides that, thesis describes file formats used in this work and thorough features of used tools.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:127628
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2020-01-07 16:25:22