prikaz prve stranice dokumenta Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja
Rad nije dostupan
završni rad
Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. urn:nbn:hr:168:384714
Fureš, Matej
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Fureš, M. (2019). Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:384714

Fureš, Matej. "Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:384714

Fureš, Matej. "Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:384714

Fureš, M. (2019). 'Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 27.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:384714

Fureš M. Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2019 [pristupljeno 27.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:384714

M. Fureš, "Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:384714

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:384714
Podaci o radu
NaslovProcjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja
Naslov (engleski)The Assesment of the Expected Genome Assembly Completness from Available Reads
AutorMatej Fureš
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Član povjerenstvaRobert Vaser (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2019-09-17, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Zadatak završnog rada alat je za provjeru mogućnosti sastavljanja genoma za dani skup očitavanja. Alat se radi u svrhu validacije skupa očitanja prilikom sastavljanja genoma te izačuna omjera duljina novo sastavljenog slijeda i početne reference. Problem je riješen korištenjem programskog jezika C++ te alata Minimap i Gepard. U samom programu korišteni su algoritmi Sweep line i BFS za filtraciju podataka, odnosno za obilazak grafa. Implementirano je rješenje zadovoljavajuće riješilo zadani problem, a njegova poboljšanja mogla bi se napraviti drugačijim parametrima pri ocjenjivanju kvalitete mapiranja ili korištenjem drugih alata.
Sažetak (engleski)
The task of this assignment was implementation of a tool capable of testing the capability of assembling genomes from available reads. The tool was made for the purpose of validating sets of reads while assembling genomes and calculating ratios of lengths between original reference and newly made genome. The problem has been solved using programming language C++ and tools like Minimap and Gepard. In the solution we use Sweep line algorithm for data filtration and BFS algorithm for making a path on the graph. The implementation solved our problem to high degree, and eventual upgrades could be made by changing filtering methods or changing the tools that were used.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:384714
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2020-01-07 18:00:07