prikaz prve stranice dokumenta Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem
Rad nije dostupan
završni rad
Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. urn:nbn:hr:168:510345
Kosier, Sanja
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Kosier, S. (2019). Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:510345

Kosier, Sanja. "Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:510345

Kosier, Sanja. "Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:510345

Kosier, S. (2019). 'Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 26.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:510345

Kosier S. Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2019 [pristupljeno 26.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:510345

S. Kosier, "Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:510345

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:510345
Podaci o radu
NaslovPronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem
Naslov (engleski)Discovering Gene Variants From Sequencing Data
AutorSanja Kosier
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Član povjerenstvaJosip Marić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2019-07-12, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Aleli predstavljaju dva alternativna gena koja određuju istu osobinu. Pronalazak alela iz višestrukih očitanja gena nije trivijalan. Događa se da su određeni aleli u uzorcima podzastupljeni te je teško programskim rješenjima detektirati njihovo pojavljivanje. Cilj ovog rada bio je implementirati metode za pronalazak varijanti gena iz uzoraka dobivenih sekvenciranjem. Problem je riješen korištenjem programskih jezika C++ i Python, alata SPOA i Bioparser te algoritmima za poravnanje sekvenci. Razvijene metode čitaju uzorke iz FASTQ datoteka, koriste višestruko poravnanje sekvenci te vrše grupiranje sličnih očitanja u klastere. Nakon toga, odabiru se najveći klasteri na temelju broja očitanja u njima i računa se konsenzusna sekvenca koja naposljetku predstavlja pronađeni alel. U radu su se koristila očitanja MHC gena divokoza.
Sažetak (engleski)
Alleles represent two alternative genes that determine the same feature of an organism. Finding alleles from multiple readings is not trivial. It is possible that certain alleles in the samples are underrepresented and it is difficult to detect their appearance using software solutions. The aim of this paper was to implement methods for finding gene variants from sequencing data. The problem was solved using C++ and Python programming languages, SPOA and Bioparser tools as well as algorithms for pairwise alignment. Developed methods read samples from FASTQ files, use multiple sequence alignment and perform clustering. Furthermore, the largest clusters are selected based on the number of readings in the clusters and a consensus sequence is generated. A consensus sequence represents a found allele. In this paper the MHC gene samples of chaimos were used.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:510345
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2020-01-07 19:14:12