prikaz prve stranice dokumenta Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima
Rad nije dostupan
završni rad
Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. urn:nbn:hr:168:843242
Lipovac, Josipa
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Lipovac, J. (2019). Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:843242

Lipovac, Josipa. "Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:843242

Lipovac, Josipa. "Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:843242

Lipovac, J. (2019). 'Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 26.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:843242

Lipovac J. Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2019 [pristupljeno 26.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:843242

J. Lipovac, "Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:843242

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:843242
Podaci o radu
NaslovOcjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima
Naslov (engleski)A Benchmark of Tools for Metagenomic Species Identification
AutorJosipa Lipovac
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Član povjerenstvaJosip Marić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2019-07-12, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Metagenomika jest relativno novo područje bioinformatike koje se bavi proučavanjem uzoraka preuzetih direktno iz prirode. Veliku primjenu ima u analizi i održavanju ljudskog zdravlja. U toj primjeni svoju ulogu igra sama identifikacija vrsta u metagenomskim uzorcima za koju se koriste alati kao što su Kraken, MetaPhlAn2 te CLARK. Za ispitivanje njihove funkcionalnosti osmišljena su dva različita testna skupa podataka, skup kratkih i skup dugih očitanja. Nakon simulacije tih testnih skupova, provela se klasifikacija uzoraka. Kraken se pokazao kao alat koji klasificira velik broj sekvenci, no točnost te klasifikacije mu je bila lošija. CLARK je klasificirao manji broj sekvenci, no točnost te klasifikacije bila je na visokoj razini. Kod alata MetaPhlAn2 klasificiralo se neznatno malo sekvenci, a daljnja evaluacija za taj alat je izostavljena.
Sažetak (engleski)
Metagenomics is a relatively new area of bioinformatics that deals with the study of samples taken directly from nature. It has great application in analyzing and maintaining human health. Here identification of metagenomic species has great role using tools like Kraken, MetaPhlAn2 and CLARK. To test their functionality, two different sets of data were created, a set of short and long readings. After the simulation of these test sets, the sample classification was performed. Kraken proved to be a tool that classifies a large number of sequences, but the accuracy of that classification gave bad results. CLARK has classified a lower number of sequences, but the accuracy of this classification was high. MetaPhlAn2 classified little number of sequences, and further evaluation of that tool was omitted.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:843242
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2020-01-07 19:42:57