prikaz prve stranice dokumenta Mapiranje kratkih očitanja
Rad nije dostupan
završni rad
Mapiranje kratkih očitanja
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. urn:nbn:hr:168:286362
Pavlić, Stanislav
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Pavlić, S. (2019). Mapiranje kratkih očitanja (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:286362

Pavlić, Stanislav. "Mapiranje kratkih očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:286362

Pavlić, Stanislav. "Mapiranje kratkih očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:286362

Pavlić, S. (2019). 'Mapiranje kratkih očitanja', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 09.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:286362

Pavlić S. Mapiranje kratkih očitanja [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2019 [pristupljeno 09.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:286362

S. Pavlić, "Mapiranje kratkih očitanja", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:286362

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:286362
Podaci o radu
NaslovMapiranje kratkih očitanja
Naslov (engleski)Short Reads Mapping
AutorStanislav Pavlić
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Član povjerenstvaRobert Vaser (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2019-07-12, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Kratka očitanja se većinom koriste u slučaju kada imamo već poznati, referentni genom neke vrste ili referencu, i želimo utvrditi razlike između reference i pojedine jedinke koju sekvenciramo. U ovom radu razvijena je metoda mapiranja kratkih očitanja na referencu koja je podijeljena na dvije faze. Prva faza sastoji se od indeksiranja kratkih podnizova na referenci i pronalaska kandidatnih pozicija pomoću zajedničkih podnizova na referenci i očitanjima te algoritma za traženje najdulje zajedničke podsekvence. U drugoj fazi koristi se KSW2 algoritam za određivanje optimalnog poravnanja dva niza. Provedeno je ispitivanje rješenja na stvarnim podatcima koje je pokazalo da bi se uz određena poboljšanja metoda mogla mjeriti s trenutno korištenim metodama. Implementacija je napisana u jeziku C/C++, a izvorni kod dostupan je na https://github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-18-19/tree/spavlic.
Sažetak (engleski)
Short reads are mostly used when we already have a known reference genome of a species, and we want to determine the differences between the reference and the individual being sequenced. In this thesis, a method for mapping short reads consisting of two phases was developed. The first phase includes indexing short substrings of the reference and finding candidate positions using substrings that are in common to the reference and the read, with the help of the longest common subsequence algorithm. In the second phase the KSW2 algorithm is used for determining the optimal alignment of the two sequences. The solution was tested on a real-world dataset which showed that with some improvements, the method might be able to rival the methods that are currently in use. The implementation was written in C/C++ and the source code is available at https://github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-18-19/tree/spavlic.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:286362
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2020-01-07 21:05:58