prikaz prve stranice dokumenta Vizualizacija strukture proteina
Rad nije dostupan
diplomski rad
Vizualizacija strukture proteina
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. urn:nbn:hr:168:898917
Sente, Toni
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Sente, T. (2019). Vizualizacija strukture proteina (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:898917

Sente, Toni. "Vizualizacija strukture proteina." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:898917

Sente, Toni. "Vizualizacija strukture proteina." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:898917

Sente, T. (2019). 'Vizualizacija strukture proteina', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 29.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:898917

Sente T. Vizualizacija strukture proteina [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2019 [pristupljeno 29.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:898917

T. Sente, "Vizualizacija strukture proteina", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:898917

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:898917
Podaci o radu
NaslovVizualizacija strukture proteina
Naslov (engleski)Protein Structure Visualization
AutorToni Sente
MentorMirjana Domazet-Lošo (mentor)
Član povjerenstvaMirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMarina Bagić Babac (član povjerenstva)
Član povjerenstvaIvica Botički (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2019-07-09, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Proteini su sastavni dio svake stanice, a sastoje se od jednog ili više lanaca aminokiselina. Prilikom njihovog proučavanja, možemo govoriti o četiri razine struktura: primarnoj, sekundarnoj, tercijarnoj te kvartarnoj. Niz aminokiselina kao takav, bez proučavanja međusobne interakcije unutar proteina, čini primarnu strukturu. Sekundarnu strukturu proteina čine nekoliko različitih tvorevina koje nastaju na jednom lancu od kojih su najvažnije α-zavojnice i β-lanci. Tercijarna struktura opisuje funkciju jednog lanca uz prisustvo sekundarnih struktura, dok proteini koji imaju više od jednog lanca imaju i kvartarnu strukturu koja proučava međusobni utjecaj tih lanaca. U sklopu ovog rada razvijen je alat ProteinVisualizer čija je svrha generiranje i prikazivanje strukture proteina. Program pri pokretanju izvlači podatke o proteinu koji su zapisani u ulaznoj PDB datoteci. Za osnovu modela, kreira se krivulju koja prolazi kroz središnji atom ugljika (Cα) svake aminokiseline. Korištenjem te krivulje, te uz pomoć linearne algebre, generira se cijev, koja predstavlja okosnicu proteina, i vrpce, kojima se najčešće predstavljaju α-zavojnice i β-lanci. Konačno, spajanjem svih tih generiranih struktura, dobije se kompletan model proteina. Rezultati koje alat generira usporedivi su s rezultatima drugih popularnih alata za vizualizaciju, što u konačnici potvrđuje ispravnost ovog postupka.
Sažetak (engleski)
Proteins are part of every cell and they consist of one or more chains of amino acid residues. In protein analysis, there are four levels of protein structure: primary, secondary, tertiary and quaternary. Plain sequence of amino acids residues in a polypeptide chain forms primary structure. Secondary structure refers to local folded structures in a single chain, among which are the most important α-helices and β-sheets. Tertiary structure represents function of a single chain in presence of secondary structures, while interaction between multiple polypeptide chains forms a quaternary structure. In this thesis, ProteinVisualizer software has been developed which can generate and visualize protein structure,. Program starts by parsing information about protein model from PDB file. For the model basis, curve that goes through central carbon atom (Cα) of every amino acid residue is created. By using this curve, and with help of linear algebra, tube that represents protein wireframe, but also the ribbons that represents α-helices and β-sheets, can be generated. Finally, by combining all these structures, complete protein model is created. Results of the developed program are comparable to results of other popular tools for protein visualization, which, in the end, confirms correctness of this procedure.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:898917
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2020-01-07 21:56:51