prikaz prve stranice dokumenta Određivanje modificiranih nukleotida koristeći sekvenciranje nanoporama i duboko učenje
Rad nije dostupan
diplomski rad
Određivanje modificiranih nukleotida koristeći sekvenciranje nanoporama i duboko učenje
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2021. urn:nbn:hr:168:885246
Deur, Sanja
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Deur, S. (2021). Određivanje modificiranih nukleotida koristeći sekvenciranje nanoporama i duboko učenje (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:885246

Deur, Sanja. "Određivanje modificiranih nukleotida koristeći sekvenciranje nanoporama i duboko učenje." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:885246

Deur, Sanja. "Određivanje modificiranih nukleotida koristeći sekvenciranje nanoporama i duboko učenje." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:885246

Deur, S. (2021). 'Određivanje modificiranih nukleotida koristeći sekvenciranje nanoporama i duboko učenje', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 26.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:885246

Deur S. Određivanje modificiranih nukleotida koristeći sekvenciranje nanoporama i duboko učenje [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2021 [pristupljeno 26.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:885246

S. Deur, "Određivanje modificiranih nukleotida koristeći sekvenciranje nanoporama i duboko učenje", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2021. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:885246

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:885246
Podaci o radu
NaslovOdređivanje modificiranih nukleotida koristeći sekvenciranje nanoporama i duboko učenje
Naslov (engleski)Detection of Modified Nucleotides Using Nanopore Sequencing and Deep Learning Methods
AutorSanja Deur
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaTomislav Petković (član povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2021-07-01, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
U ovome je radu razvijena metoda za detekciju modifikacija baza u DNA, koristeći sekvenciranje nanoporama i principe dubokog učenja. Sekvenciranje nanoporama detektira različite električne signale za različite nukleotide, za vrijeme prolaska DNA lanca kroz nanoporu. Zatim se provodi pretvorba detektiranih signala u DNA sekvencu. Nakon poravnanja očitanja na referencu, točke signala na mjestima insercija i delecija trebaju se remapirati, koristeći razvijenu metodu Remapper. Implementacija postiže značajne rezultate što se tiče vremena izvođenja, međutim s cijenom smanjenja točnosti. Izvorni kod dostupan je na https://github.com/sanjadeur/master-thesis/.
Sažetak (engleski)
In this thesis, a method for DNA base modification detection is developed using Nanopore sequencing and deep learning principles. Nanopore sequencing detects different electrical current signals for different nucleotides, whilst a DNA strand passes through a nanopore. Then, basecalling is performed, translating the detected signals into a DNA sequence. After aligning basecalled reads to the reference, signal points at insertions and deletions should be remapped, using the developed Remapper method. The implementation achieves significant results regarding the runtime, though at the cost of reduced accuracy. Source code is available at https://github.com/sanjadeur/master-thesis/.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:885246
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-01-13 12:06:16