prikaz prve stranice dokumenta Metoda za mapiranje bisulfitno tretiranih očitanja na genom
Rad nije dostupan
diplomski rad
Metoda za mapiranje bisulfitno tretiranih očitanja na genom
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2022. urn:nbn:hr:168:582319
Kosier, Sanja
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Kosier, S. (2022). Metoda za mapiranje bisulfitno tretiranih očitanja na genom (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:582319

Kosier, Sanja. "Metoda za mapiranje bisulfitno tretiranih očitanja na genom." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:582319

Kosier, Sanja. "Metoda za mapiranje bisulfitno tretiranih očitanja na genom." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:582319

Kosier, S. (2022). 'Metoda za mapiranje bisulfitno tretiranih očitanja na genom', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 29.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:582319

Kosier S. Metoda za mapiranje bisulfitno tretiranih očitanja na genom [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2022 [pristupljeno 29.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:582319

S. Kosier, "Metoda za mapiranje bisulfitno tretiranih očitanja na genom", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2022. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:582319

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:582319
Podaci o radu
NaslovMetoda za mapiranje bisulfitno tretiranih očitanja na genom
Naslov (engleski)Method for Mapping Bisulfite-treated Sequencing Reads To a Genome
AutorSanja Kosier
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMirjana Domazet-Lošo (član povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2022-07-01, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Bisulfitno sekvenciranje metoda je za detekciju citozinskih modifikacija. Tretman DNA s bisulfitom pretvara citozin u uracil, zadržavajuću 5-metilcitozin nepromijenjen. Umnažanje DNA, koristeći lančanu reakciju polimeraze, rezultira pretvaranjem uracila u timin. Nakon toga DNA se sekvencira. S obzirom da se ne zna kojem lancu pripada pojedino očitanje, mapiranje očitanja koja su bisulfitno tretirana zahtjeva pristup koji uključuje pokretanje četiri procesa mapiranja istovremeno. Cilj ovog diplomskog rada bio je razviti metodu za mapi- ranje bisulfatno tretiranih sekvenci na referetni genom. Budući da je problematika mapiranja bisulfatno tertiranih sekvenci u suštini problematika mapiranja kratkih sekvenci, razvijeni alat u radu se oslanja na novo razvijeni alat za mapiranje Accel-Align. Bisulfitni maper razvijen za potrebe ovog diplomskog rada je javno dostupan na Githubu te je stavljen pod MIT licencu.
Sažetak (engleski)
Bisulfite sequencing is a method for the detection of cytosine methylations. Treatment of DNA with bisulfite converts cytosine to uracil while leaving 5-methylcytosine unchanged. Amplifying DNA material with polymerase chain reaction (PCR) leads to the conversion of uracil to thymine. Then, DNA material is sequenced. Since the reads’ strand is unknown in advance, mapping bisulfite-treated reads requires an approach that includes running four mapping processes simultaneously. Aim of this thesis was to develop a method for mapping bisulfite-treated reads to the reference genome. Since the problem of mapping bisulfite se- quences is essentially short read mapping problem, the developed tool in this paper relies on the newly developed mapper Accel-Align. Bisulfite mapper developed in this thesis is publicly available on Github and put under the MIT licence.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:582319
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-01-13 12:43:17