prikaz prve stranice dokumenta Otkrivanje lažno pozitivnih i lažno negativnih preklapanja u grafu sastavljanja
Rad nije dostupan
diplomski rad
Otkrivanje lažno pozitivnih i lažno negativnih preklapanja u grafu sastavljanja
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2022. urn:nbn:hr:168:231929
Požega, Luka
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Požega, L. (2022). Otkrivanje lažno pozitivnih i lažno negativnih preklapanja u grafu sastavljanja (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:231929

Požega, Luka. "Otkrivanje lažno pozitivnih i lažno negativnih preklapanja u grafu sastavljanja." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:231929

Požega, Luka. "Otkrivanje lažno pozitivnih i lažno negativnih preklapanja u grafu sastavljanja." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:231929

Požega, L. (2022). 'Otkrivanje lažno pozitivnih i lažno negativnih preklapanja u grafu sastavljanja', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 09.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:231929

Požega L. Otkrivanje lažno pozitivnih i lažno negativnih preklapanja u grafu sastavljanja [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2022 [pristupljeno 09.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:231929

L. Požega, "Otkrivanje lažno pozitivnih i lažno negativnih preklapanja u grafu sastavljanja", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2022. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:231929

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:231929
Podaci o radu
NaslovOtkrivanje lažno pozitivnih i lažno negativnih preklapanja u grafu sastavljanja
Naslov (engleski)Detecting False Positive and False Negative Overlaps in Assembly Graphs
AutorLuka Požega
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMario Brčić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2022-07-01, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Među središnjim problemima bioinformatike je rekonstrukcija genoma. Manji dijelovi genoma, zvani očitanjima, trebaju biti sastavljena u potpuni genom. Očitanja se međusobno preklapaju u svrhu određivanja onih koja su zaista susjedna u originalnom genomu. Alati za rekonstrukciju ponekad uzimaju u obzir preklapanja koja u stvarnom genome ne postoje, ili propuste točna preklapanja. Ovaj rad nastoji klasificirati takva očitanja u točno pozitivnu, lažno pozitivnu ili lažno negativnu klasu. Koristi brojčane i tekstualne značajke preklapanja, poput sličnosti, dužine preklapanja i CIGAR niza. U sklopu rada predstavljeno je nekoliko arhitektura dubokih modela, poput neuronske mreže i transformatora za obradu jezika.
Sažetak (engleski)
One of the biggest problems in bioinformatics is genome assembly. Smaller parts of genome, called reads, must be combined to reconstruct the whole genome. Reads are mutually overlapped to understand which ones are adjacent. Assembly algorithms sometimes use overlaps not actually of adjacent reads in the genome or miss some overlaps. This thesis tries to classify those overlaps into true positive, false positive, or false negative classes. For classification, it uses numerical and text features of overlaps, like overlap length, similarity, and CIGAR string. The thesis introduces multiple deep learning architectures, like neural networks and transformers for language processing.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:231929
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-01-13 15:55:48