prikaz prve stranice dokumenta Sažimanje genoma korištenjem referentnog genoma
Rad nije dostupan
završni rad
Sažimanje genoma korištenjem referentnog genoma
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2020. urn:nbn:hr:168:763324
Čeple, Kristijan
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Čeple, K. (2020). Sažimanje genoma korištenjem referentnog genoma (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:763324

Čeple, Kristijan. "Sažimanje genoma korištenjem referentnog genoma." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:763324

Čeple, Kristijan. "Sažimanje genoma korištenjem referentnog genoma." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:763324

Čeple, K. (2020). 'Sažimanje genoma korištenjem referentnog genoma', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 29.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:763324

Čeple K. Sažimanje genoma korištenjem referentnog genoma [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2020 [pristupljeno 29.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:763324

K. Čeple, "Sažimanje genoma korištenjem referentnog genoma", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2020. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:763324

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:763324
Podaci o radu
NaslovSažimanje genoma korištenjem referentnog genoma
Naslov (engleski)Referential genome compression
AutorKristijan Čeple
MentorMirjana Domazet-Lošo (mentor)
Član povjerenstvaMirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaIvica Botički (član povjerenstva)
Član povjerenstvaFran Tonković (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2020-07-07, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
HiRGC je algoritam referencijske kompresije genoma iz 2017. Prije kompresiranja DNA sekvence kao string, prvo se DNA string preprocesira, uzimajuci u obzir određena 'građena' svojstva, kvalitete i odlike DNA sekvenci koji proizlaze iz njihove strukture i funkcije. Jedan takav način je spremiti DNA u vremenski sortiranoj listi sličnosti i razlika izmedu jedne referentne sekvence i druge(ili više!) ciljnih sekvenci. Ovo je moguće zbog toga što su DNA sekvence međusobno u ljudi 99.9% slične, te algoritam iskorištava ovo svojstvo. Nakon što je DNA procesiran i spremljen na ovaj način, možemo ponovo na vrh ovoga novoga stringa koristiti tradicionalne metode kompresiranja stringova. Konačan rezultat je spektakularan - npr. DNA ljudski genom se kompresira sa neka 3 GB dolje na jedan file od 200-300 MB. Link na gitlab repozitorij: https://gitlab.com/kristijan_ceple/hash-based-referential-genome-compression
Sažetak (engleski)
HiRGC is a 2017 genome compression algorithm. Before compressing the DNA sequences as raw textual data, one can first pursue certain DNA qualities to enhance the compression before-hand the traditional text compression methods. One such way is to process and store the sequences as a list of similarities and differences between a reference sequence, and 1(or more!) target sequences. Human DNA is mutually(between 2 units) 99.9% similar, and this algorithm takes advantage of that. After the DNA is processed in such a manner, it can then be converted using traditional text compression methods. This produces outstanding results – such as reducing a ~3GB human genome into a 200-300MB file. The link to the gitlab repository: https://gitlab.com/kristijan_ceple/hash-based-referential-genome-compression
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:763324
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-01-14 08:38:48