prikaz prve stranice dokumenta Protočna struktura za detekciju grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora
Rad nije dostupan
završni rad
Protočna struktura za detekciju grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2020. urn:nbn:hr:168:617498
Martinović, Ivona
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Martinović, I. (2020). Protočna struktura za detekciju grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:617498

Martinović, Ivona. "Protočna struktura za detekciju grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:617498

Martinović, Ivona. "Protočna struktura za detekciju grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:617498

Martinović, I. (2020). 'Protočna struktura za detekciju grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 27.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:617498

Martinović I. Protočna struktura za detekciju grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2020 [pristupljeno 27.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:617498

I. Martinović, "Protočna struktura za detekciju grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2020. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:617498

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:617498
Podaci o radu
NaslovProtočna struktura za detekciju grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora
Naslov (engleski)Pipeline for Detection Clusters of Modified Nucleotides in Nanopore Sequenced RNA Reads
AutorIvona Martinović
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Član povjerenstvaJosip Marić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2020-07-06, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Glavna zadaća ovog rada je detekcija grupa modificiranih nukletida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora. Podaci za ovaj rad su očitanja i referenca ribozima tetrahimena, skupine I introna iz Tetrahymena. Cilj je bio integirati postojeće alate kao što su Graphmap, Minimap i Minimap2, Ram, i Racon te ih povezati python skriptama u protočnu strukturu. Kako bi se to napravilo, svi alati za poravnavanje bili su testirani. Drugačiji pristup je takod̄er proban, poravnavanje očitanja u domeni signala. Protočna struktura sastoji se od tri dijela: odabira očitanja, poliranja i detekcije grupa modificiranih nukleotida. Izvorni kod dostupan je na: https: //github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-19-20/tree/imartinovic.
Sažetak (engleski)
The main concern of this thesis is the clustering of modified nucleotides in nanopore sequenced RNA reads. The data for this thesis are reads and the reference from the tetrahymena ribozyme, a group I intron from Tetrahymena. The goal was to integrate existing tools such as Graphmap, Minimap and Minimap2, Ram, and Racon and link them with python scripts into a pipeline. To do this, all of the alignment tools were tested. A different approach for alignment was also tried out, aligning the reads in the signal domain. The pipeline was implemented in three parts: read selection, polishing and clustering of modified nucleotides. Source code is available at: https: //github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-19-20/tree/imartinovic.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:617498
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-01-14 09:28:38