prikaz prve stranice dokumenta Metoda za sastavljanje genoma temeljena na De Bruijn grafovima i minimizatorima
Rad nije dostupan
diplomski rad
Metoda za sastavljanje genoma temeljena na De Bruijn grafovima i minimizatorima
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2022. urn:nbn:hr:168:493409
Yatsukha, Roman
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Yatsukha, R. (2022). Metoda za sastavljanje genoma temeljena na De Bruijn grafovima i minimizatorima (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:493409

Yatsukha, Roman. "Metoda za sastavljanje genoma temeljena na De Bruijn grafovima i minimizatorima." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:493409

Yatsukha, Roman. "Metoda za sastavljanje genoma temeljena na De Bruijn grafovima i minimizatorima." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:493409

Yatsukha, R. (2022). 'Metoda za sastavljanje genoma temeljena na De Bruijn grafovima i minimizatorima', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 09.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:493409

Yatsukha R. Metoda za sastavljanje genoma temeljena na De Bruijn grafovima i minimizatorima [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2022 [pristupljeno 09.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:493409

R. Yatsukha, "Metoda za sastavljanje genoma temeljena na De Bruijn grafovima i minimizatorima", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2022. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:493409

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:493409
Podaci o radu
NaslovMetoda za sastavljanje genoma temeljena na De Bruijn grafovima i minimizatorima
Naslov (engleski)Minimizer-based de Bruijn Graph De Novo Assembler
AutorRoman Yatsukha
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMirjana Domazet-Lošo (član povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2022-07-01, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Cpp-mdbg je efikasan asembler genoma koji sastavlja de Bruijn graf u prostoru "minimizera". Koristeći pažljivo odabrane parametre, graf se sastavlja iz rijetkih reprezentacija sekvenci u prostoru minimizera, što rezultira kompaktnim grafom koji se može brzo obraditi. U ovom radu demonstriramo kako je moguće sastaviti ljudski genom po uzoru na CHM13 ispod 20 minuta s pokrivenošću od preko 99%. Asembler podržava razrješavanje haplotipa koristeći trio binning.
Sažetak (engleski)
Cpp-mdbg is an efficient genome assembler that uses minimizer based de Bruijn graphs. Using carefully picked parameters, the graph is assembled from sequences sparsely represented by minimizers, which results in a compact, easy to process graph. In this work we assemble a human genome inspired by CHM13 under 20 minutes with over 99% bases of the reference genome covered. The assembler supports haplotype resolution using trio binning.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:493409
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-01-14 10:17:38