prikaz prve stranice dokumenta Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma
Rad nije dostupan
završni rad
Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2021. urn:nbn:hr:168:723311
Klabučar, Ivan
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Klabučar, I. (2021). Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:723311

Klabučar, Ivan. "Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:723311

Klabučar, Ivan. "Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:723311

Klabučar, I. (2021). 'Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 09.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:723311

Klabučar I. Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2021 [pristupljeno 09.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:723311

I. Klabučar, "Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2021. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:723311

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:723311
Podaci o radu
NaslovStruktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma
Naslov (engleski)Data Structure for Efficient Storage of Genome Sequencing Data
AutorIvan Klabučar
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaJosip Marić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaFilip Bosnić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2021-07-02, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Zbog golemih duljina genoma, njihova bilo kakva bioinformatička obrada vrlo je memorijski zahtjevna. Općenito, efikasna pohrana ocjena kvaliteta (engl. Phred quality scores) u radnu memoriju predstavlja veći izazov od pohrane samih sljedova pa se prirodno nameće pitanje njihove kompresije. U ovom radu predstavljamo algoritam kompresije ocjena kvaliteta genetskih sljedova koji smanjuje memoriju potrebnu za njihovu pohranu gotovo pa četiri puta. To postiže sažimanjem svake ocjene kvalitete s dva bita umjesto osam te računanjem povoljnog preslikavanja dvobitnih kôdova natrag u ocjene kvalitete. Također u radu ispitujemo količinu informacije koju kompresija gubi nad stvarnim i simuliranim podatcima te utjecaj njene primjene na točnost alata Racon.
Sažetak (engleski)
Due to the tremendous lengths of nearly all genomes, any computational attempt at their analysis is bound to be very memory intensive. Generally, Phred quality scores prove to be more difficult to store efficiently than genetic sequences, making them prime candidates for compression. This paper presents one such compression algorithm that reduces storage needed for Phred quality scores almost four times. This is achieved by using two bits, for representing a single quality score, instead of eight and by calculating satisfactory mappings of two-bit codes to quality scores. Furthermore, we determine the amount of information lost by our algorithm and how this affects the accuracy of the tool Racon.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:723311
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-01-14 20:46:43