U Republici Hrvatskoj prepoznat je potencijal vodnog bogatstva velikih međuzrnskih vodonosnika Savskog i Dravskog bazena smještenih u panonskom dijelu Hrvatske. Oni predstavljaju strateške rezerve podzemnih voda međuzrnskih vodonosnika što znači da se njihovim određivanjem i zaštitom dugoročno osiguravaju potrebe javne vodoopskrbe cijelih regija. Osnovne mjere zaštite podzemnih voda u Republici Hrvatskoj određene su regulatornim okvirom i uključuju obveze koje su preuzete pristupanjem Europskoj uniji. Od izuzetne je važnosti pronaći sustav zaštite koji je provediv i temeljen na istraživanjima. Tako se u većini zemalja, pa i u Republici Hrvatskoj podzemni vodonosnici štite definiranjem zaštitnih zona oko izvorišta. Unutar definiranih granica svake pojedine zaštitne zone razlikuju se pasivne i aktivne mjere zaštite. Aktivnim mjerama zaštite smatraju se sve aktivnosti koje se provode kako bi se poboljšalo stanje voda, dok se pasivnim mjerama preventivno definiraju mjere zaštite podzemnih voda, a uključuju mjere zabrane građenja i smještaja pojedinih građevina i obavljanja određenih djelatnosti. Unatoč regulatornim okvirom propisanih mjera zaštite, svakodnevno se susreće sa problemima i izazovima u zaštiti podzemnih voda međuzrnskih vodonosnika opisanih u nastavku ovog rada, a prvenstveno se tiču nedostatka provedenih istraživanja, klasifikacije izvorišta, rezervacije prostora zona sanitarne zaštite te osmišljavanju alternativnih strategija zaštite.