Projekt MicroLink usmjeren je na istraživanje bentoske mikrobne komponente morskih ekosustava koje je zanemarene u kontekstu Morske Direktive (MSFD), a s ciljem da se ispita mogu li mkrobne zajednice ponuditi rješenje za neke od izazova programa zaštite morskih ekosustava: (i) izazov utvrđivanja utjecaja višestrukih stresora na stanje morskog okoliša, (ii) mogućnost nadogradnje postojećih bioloških pokazatelja uvođenja “novih” indikatorskih elemenata, (iii) potencijal korištenja brzih i pouzdanih suvremenih molekularnih alata pri procjeni stanja okoliša te (iv) problem vezan uz procjenu stanja bentoske komponente ekosustava. Projekt okuplja multidisciplinarni tim znanstvenika koji istraživanju mikrobnih zajednica pristupa multirazinski promatrajući mikrobne zajednice bakterija, arheja, gljiva i virus, koristeći 4 state-of-the-art metodološka pristupa (analitički kemijske metode, amplikon i shotgun sekvenciranje, qPCR, machine learaning). Projektom se planira dati uvid u ponašanje i dinamiku mikrobnih zajednica u zonama pod snažnim pritiscima ljudskih aktivnosti (engl. hot spots). Projekt planira odgovoriti na pitanje o važnosti te doprinosu praćenja mikrobnih zajednica pri postizanju Dobrog Stanja Okoliša (DSO) time predstavljajući prvi korak pri potencijalnoj integraciji mikrobnih pokazatelja na listu bioloških pokazatelja ekološkog stanja morskog okoliša.