prikaz prve stranice dokumenta Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije
  Preuzmi
PDF 2.18 MB
diplomski rad
Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije
Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2022. urn:nbn:hr:152:894393
Čikotić, Marija
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Medicinski fakultet Osijek

Institucijski repozitorij: Repozitorij MEFOS

Citirajte ovaj rad

Čikotić, M. (2022). Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije (Diplomski rad). Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393

Čikotić, Marija. "Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije." Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393

Čikotić, Marija. "Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije." Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393

Čikotić, M. (2022). 'Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije', Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, citirano: 26.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393

Čikotić M. Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije [Diplomski rad]. Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek; 2022 [pristupljeno 26.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393

M. Čikotić, "Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije", Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, Osijek, 2022. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:894393
Podaci o radu
NaslovAnaliza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem slijedeće generacije
Naslov (engleski)Transcriptomic analysis of the thyroid tissue in Hashimotos disease using next-generation sequencing
AutorMarija Čikotić
MentorMario Štefanić (mentor)
Član povjerenstvaMarija Heffer (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMartina Smolić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMario Štefanić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Medicinski fakultet Osijek
Osijek
Datum i država obrane2022-09-28, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO
Kliničke medicinske znanosti
Nuklearna medicina
Sažetak
CILJ: Hashimotov tireoiditis (HT) čest je uzrok primarne hipotireoze. Doprinos različitih staničnih populacija i molekularnih mehanizama slabo je poznat, ali sljedeća generacija tehnologija pruža priliku da se to promijeni. METODE: U tu smo svrhu secirali transkripcijsku raznolikost HT-a analizom masovnih RNA-seq knjižnica tkiva štitnjače iz v8 izdanja Genotype-Tissue Expression projekta. Sveukupno, 31 cjelogenomski profil oboljelog tkiva s elementima HT uspoređen je sa 103 kontrolna uzorka nakon prilagodbe za kovarijate. Provedena je analiza razlikovnog izražaja gena (limma paket), nakon čega je uslijedilo profiliranje obogaćenih bioloških puteva (Hallmark, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, Broad Molecular Signatures Database v7.4). REZULTATI: Sveukupno, pronašli smo 2809 pojačano izraženih gena i 2348 smanjeno izraženih gena (|omjer izražaja| > 1,5 i Benjamini-Hochberg P < 0,05). HT je obilježen putovima povezanim s T i B staničnom signalizacijom, obradom antigena, interakcijama citokin-citokin receptora, apoptotskim i nekroptotskim potpisima gena. Nasuprot tome, konverzija u HT popraćena je smanjenim izražajem genskih skupova povezanih sa staničnim spojnicama, epitelnim i anaboličkim procesima, zdravljem mitohondrija i Hippo signaliziranjem. Također, nalazimo znakove endotelnog i stromalnog remodeliranja u HT-u. ZAKLJUČAK: Identificirali smo širok raspon transkripcijskih promjena, pružajući tako sveobuhvatan atlas potencijalno promijenjenih bioloških putova u HT. Za korištenje tih podataka potrebna je daljnja provjera valjanosti.
Sažetak (engleski)
AIM. Hashimoto’s thyroiditis (HT) is a common cause of primary hypothyroidism. The contribution of diverse cell populations and molecular mechanisms is poorly understood, but the next generation of multi-messenger technologies provides an opportunity to break this impasse. METHODS. To this purpose, we dissected the transcriptional diversity of HT by analysing bulk RNA-sequencing libraries of thyroid tissue from the v8 release of the Genotype-Tissue Expression project. In total, 31 whole-genome expression profiles for which HT was indicated were compared to 103 covariate-adjusted control samples. Differential gene expression analysis was performed (limma package), followed by pathway enrichment profiling (Hallmark, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, Broad Molecular Signatures Database v7.4). RESULTS. Overall, 2809 upregulated and 2348 downregulated genes were found at |fold change| > 1,5 and Benjamini-Hochberg P < 0,05. HT was enriched in pathways associated with T and B cell signalling, antigen processing, cytokine-cytokine receptor interactions, apoptotic and necroptotic gene signatures. By contrast, a transition to HT was accompanied by down-regulation of gene sets associated with cell junctions, epithelial and anabolic processes, mitochondrial health and Hippo signalling. We also propose roles for endothelial and stromal remodeling in HT. CONCLUSIONS. We identified a broad range of transcriptional alterations, thus providing a comprehensive atlas of potentially altered biological pathways in HT. Further validation is necessary to put those data to use.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:152:894393
Studijski programNaziv: Medicina
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: integrirani preddiplomski i diplomski
Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica medicine (dr. med.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2023-07-20 13:20:48