prikaz prve stranice dokumenta Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK
  Preuzmi
PDF 1.61 MB
diplomski rad
Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK
Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2023. urn:nbn:hr:152:906179
Klepić, Nikolina
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Medicinski fakultet Osijek

Institucijski repozitorij: Repozitorij MEFOS

Citirajte ovaj rad

Klepić, N. (2023). Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK (Diplomski rad). Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179

Klepić, Nikolina. "Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK." Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179

Klepić, Nikolina. "Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK." Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179

Klepić, N. (2023). 'Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK', Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, citirano: 22.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179

Klepić N. Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK [Diplomski rad]. Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek; 2023 [pristupljeno 22.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179

N. Klepić, "Raznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK", Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, Osijek, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:906179
Podaci o radu
NaslovRaznovrsnost fibroblasta u humanom tkivu štitnjače iz perspektive sekvenciranja jednostanične RNK
Naslov (engleski)Fibroblast diversity in human thyroid tissue: a single-cell RNA sequencing perspective
AutorNikolina Klepić
MentorMario Štefanić (mentor)
Član povjerenstvaStana Tokić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMartina Mihalj (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMario Štefanić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Medicinski fakultet Osijek
Osijek
Datum i država obrane2023-09-20, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO
Temeljne medicinske znanosti
Sažetak
CILJ. Sveobuhvatna karakterizacija fibroblasta štitnjače ključna je za bolje razumijevanje zdravlja i bolesti ljudske štitnjače. Kako bismo popunili ovu prazninu, predstavljamo integrirani jednostanični transkriptomski atlas fibroblasta štitnjače kombinirajući 10 objavljenih skupova podataka za 12 zdravih i oboljelih odraslih osoba koje imaju benigne poremećaje štitnjače. METODE. Koristili smo integracijsku metodu visokih performansi, Harmony, za integrirano ugniježđenje svih 76589 stanica i harmonizaciju pripadnih metapodataka iz prikupljenih eksperimenata (benigno tkivo štitnjače, Seurat v4 protokol). Odatle, iterativno grupiranje je korišteno za identifikaciju i karakterizaciju podskupa od 2302 fibroblasta. Diferencijalna ekspresija temeljila se na Wilcoxonovom testu rangova, s popratnom analizom obogaćenih bioloških putova (Broad Molecular Signatures Database v7.51). REZULTATI: Identificirali smo brojna zajednička i jedinstvena stanična stanja u više poremećaja štitnjače, uključujući zdrave kontrole, Hashimotov tireoiditis i benignu čvorastu gušu. Ukupno je zabilježeno 6 različitih podskupova, uključujući dva skupa univerzalnih panfibroblasta, dva skupa miofibroblasta, i dva skupa visoko specijaliziranih proupalnih i profibrogenih fibroblasta povezanih isključivo s bolešću. ZAKLJUČCI: Fibroblasti štitnjače vrlo su heterogena populacija stanica čiji broj, sastav i funkcija značajno variraju među zdravim i oboljelim osobama. Ortogonalna validacija je nužna za potvrdu ovih preliminarnih rezultata.
Sažetak (engleski)
AIM. A comprehensive characterization of thyroid fibroblasts is central to better understanding of both health and disease in the human thyroid. To help fill this gap, we present an integrated single-cell transcriptomic atlas of the thyroid fibroblasts by combining 10 published datasets from 12 healthy and affected adult individuals having benign thyroid disorders. METHODS. We used the high-performing integration method, Harmony, to create an integrated embedding of all 76589 cells and their respective metadata from the collected experiments (benign thyroid tissue, Seurat v4 workflow). From there, iterative clustering was used to identify and characterize a subset of 2302 fibroblasts. Differential expression was based on the Wilcoxon rank sum test, followed by gene set enrichment analysis (Broad Molecular Signatures Database v7.51). RESULTS. We identified a number of shared and unique cell states across multiple thyroid diseases, including healthy controls, Hashimoto’s thyroiditis and benign nodular goiter. In total, 6 different subsets were observed, encompassing two sets of universal pan-fibroblasts, two sets of myofibroblasts, and two sets of highly specialized, disease-associated proinflmammatory and profibrogenic fibroblasts. CONCLUSIONS. The thyroid fibroblasts are a highly heterogeneous population of cells whose number, composition and function vary considerably among the healthy and diseased individuals. Ortogonal validation is necessary to confirm these preliminary results.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:152:906179
Studijski programNaziv: Medicinsko laboratorijska dijagnostika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra medicinsko laboratorijske dijagnostike (mag. med. lab. diag.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-05-09 07:25:34