prikaz prve stranice dokumenta Genski izražaj dejodinaze tipa 2 u karcinomskim fibroblastima na jednostaničnoj rezoluciji
  Preuzmi
PDF 3.2 MB
diplomski rad
Genski izražaj dejodinaze tipa 2 u karcinomskim fibroblastima na jednostaničnoj rezoluciji
Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2023. urn:nbn:hr:152:342000
Stipetić, Mariela
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Medicinski fakultet Osijek

Institucijski repozitorij: Repozitorij MEFOS

Citirajte ovaj rad

Stipetić, M. (2023). Genski izražaj dejodinaze tipa 2 u karcinomskim fibroblastima na jednostaničnoj rezoluciji (Diplomski rad). Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:342000

Stipetić, Mariela. "Genski izražaj dejodinaze tipa 2 u karcinomskim fibroblastima na jednostaničnoj rezoluciji." Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:342000

Stipetić, Mariela. "Genski izražaj dejodinaze tipa 2 u karcinomskim fibroblastima na jednostaničnoj rezoluciji." Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:342000

Stipetić, M. (2023). 'Genski izražaj dejodinaze tipa 2 u karcinomskim fibroblastima na jednostaničnoj rezoluciji', Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, citirano: 07.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:342000

Stipetić M. Genski izražaj dejodinaze tipa 2 u karcinomskim fibroblastima na jednostaničnoj rezoluciji [Diplomski rad]. Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek; 2023 [pristupljeno 07.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:342000

M. Stipetić, "Genski izražaj dejodinaze tipa 2 u karcinomskim fibroblastima na jednostaničnoj rezoluciji", Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, Osijek, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:342000

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:342000
Podaci o radu
NaslovGenski izražaj dejodinaze tipa 2 u karcinomskim fibroblastima na jednostaničnoj rezoluciji
Naslov (engleski)Type 2 deiodinase gene expression in cancer-associated fibroblasts at single-cell resolution
AutorMariela Stipetić
MentorMario Štefanić (mentor)
Član povjerenstvaStana Tokić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMartina Mihalj (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMario Štefanić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Medicinski fakultet Osijek
Osijek
Datum i država obrane2023-09-20, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO
Temeljne medicinske znanosti
Sažetak
Cilj istraživanja: Dejodinaza tipa 2 (DIO2) posreduje lokalnu konverziju tiroksina u trijodtironin u stromalnom odjeljku, ali aktivnost DIO2 u tumorskoj stromi nije poznata. U tu svrhu, ispitali smo genski izražaj DIO2 u karcinomskim fibroblastima (CAF) na jednostaničnoj rezoluciji. Nacrt studije: Jednostanični transkriptomski atlas. Materijali i metode: Konstruirali smo stanični atlas CAF visoke rezolucije koristeći javno dostupne podatke sekvenciranja jednostanične RNK za dva tumora, duktalni adenokarcinom gušterače i nemikrocelularni karcinom pluća (NSCLC, Seurat v4 protokol, Harmony algoritam). Nakon identifikacije razlikovno izraženih gena (Wilcoxonov test), provedena je ko-ekspresijska analiza i analiza obogaćenih putova (Broad Molecular Signatures Database v7.51). Rezultati: Ukupno je profilirano 3 900 visokokvalitetnih stanica, među kojima je identificirano 7 vrlo različitih vrsta CAF. Ekspresija DIO2 uglavnom je ograničena na WNT5A+MMP11+ CAF u NSCLC, čije su glavno obilježje katabolički fenotip, biljezi muralnih stanica i izražaj gena interferonskog odgovora. Nadalje, rastući izražaj DIO2 u WNT5A+MMP11+ CAF snažno je povezan s transkripcijskim značajkama invazivnih i uznapredovalih tumora. Zaključak: Rezultati nude kratki uvid u biologiju DIO2+ CAF, pružajući putokaz za razumijevanje staničnih i međuorganskih razlika u aktivnosti DIO2 unutar tumorskog okružja. Neovisna potvrda komplementarnim tehnikama nužna je za validaciju preliminarnih rezultata.
Sažetak (engleski)
Objectives: Type 2 deiodinase boosts local conversion of thyroxine to triiodothyronine in stromal compartment, but the activity of DIO2 in tumor-associated stroma remains unknown. To this purpose, we examined the gene expression of DIO2 in cancer-associated fibroblasts at single-cell resolution. Study design: Single-cell transcriptomic atlas. Material and methods: We constructed a high-resolution cellular atlas of CAFs using publicly available single-cell RNA sequencing data for two tumors, pancreatic ductal adenocarcinoma and non-small cell lung cancer (NSCLC Seurat v4 pipeline, Harmony algorithm). The Wilcoxon test was used to identify differentially expressed genes, followed by pathway enrichment profiling (Broad Molecular Signatures Database v7.51) and coexpression analysis. Results: In total, 3 900 high-quality cells were profiled, identifying 7 highly diverse CAF types. DIO2 expression was restricted mostly to WNT5A+MMP11+ CAFs from NSCLC, which were characterized by a catabolic phenotype, mural cell markers, and expression of interferon response genes. In addition, increased DIO2 gene expression in WNT5A+MMP11+ CAFs was robustly associated with transcriptional markers of invasive and advanced tumors. Conclusion: The results offer a glimpse into the biology of DIO2+ CAFs, providing a roadmap for understanding cell-type and organ-specific differences in DIO2 activity across the tumor environment. Independent confirmation by complementary techniques is necessary to validate the preliminary results.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:152:342000
Studijski programNaziv: Medicinsko laboratorijska dijagnostika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra medicinsko laboratorijske dijagnostike (mag. med. lab. diag.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-09-24 12:18:01