Naslov Značajke genoma hobotnice Octopus vulgaris (Cuvier, 1797) Naslov (engleski) Genome characteristics of common octopus Octopus vulgaris (Cuvier, 1797) Autor Petra Barušić Mentor Željka Trumbić (mentor)Član povjerenstva Željka Trumbić (predsjednik povjerenstva)Član povjerenstva Vedran Poljak (član povjerenstva)Član povjerenstva Mirela Petrić (član povjerenstva)Ustanova koja je dodijelila Sveučilište u Splitu Datum i država obrane 2024-10-02, Hrvatska Znanstveno / umjetničko BIOTEHNIČKE ZNANOSTI Sažetak U ovom završnom radu opisane su osnovne značajke obične hobotnice Octopus vulgaris, njezin gospodarski značaj u ribarstvu i akvakulturi, te značaj kao modela u neurobiologiji. Kako bi se istražila i razumjela fiziologija ovih naprednih organizama na staničnoj razini kao i regulacijske molekularne mreže, potrebno je imati dobre nacrte genoma sastavljene na razini kromosoma. U gospodarskom kontekstu, što bolji nacrt genoma omogućava i razvoj buduće akvakulture i specijaliziranih programa
... Više selekcije. Trenutno glavni pristup sastavljanju genoma uključuje kombiniranje kratkih i dugih nukleotidnih sljedova visoke pokrivenosti koji se dobivaju metodama naprednog sekvenciranja, kao i informacije o kromosomskoj konformaciji. Prvi nacrt genoma na razini kromosoma vrste O. vulgaris je objavljen 2023. godine i ima ukupno 2,8 Gb, N50 = 118,9 Mb, N90 = 18,2 Mb, i cjelovitost je na jako dobroj razini (BUSCO indeks: C:92,3% (S:91,8%, D:0,5%), F:2,7%, M:5,0%). Genom hobotnice ima 30 kromosoma (1n = 30). Ukupno je pronađeno 23.423 gena koji kodiraju proteine, sadrže u prosjeku 8,42 egzona, a identificirano je i 1849 dugih nekodirajućih RNA. Danas je uslijed razvoja naprednih metoda sekvenciranja i komputacijskih algoritama omogućeno relativno brzo dobivanje kvalitetnih genoma i za nemodelne vrste, te to predstavlja temelj za podizanje ekoloških i evolucijskih studija na cjelogenomsku razinu. Sakrij dio sažetka Sažetak (engleski) This disertation describes the basic features of the common octopus Octopus vulgaris, its economic importance in fisheries and aquaculture, and its importance as a model in neurobiology. In order to investigate and understand the physiology of these advanced organisms at the cellular level, as well as the regulatory molecular networks, it is necessary to build good quality chromosome level genome assemblies. In the economic context, good quality genomes enable the development of
... Više future aquaculture practices and specialized selection programs. Currently, the main approach to genome assembly involves combining high-coverage short and long nucleotide sequences obtained by next-generation sequencing methods, as well as information on chromosomal conformation. The first chromosome level genome assemblie of O. vulgaris was published in 2023 and has a total of 2.8 Gb, N50 = 118.9 Mb, N90 = 18.2 Mb, with very satisfactory completeness level (BUSCO index: C: 92.3% (S:91.8%, D:0.5%), F:2.7%, M:5.0%). The octopus genome has 30 chromosomes (1n = 30). A total of 23,423 protein-coding genes were found, containing an average of 8.42 exons, and 1,849 long non-coding RNAs were also identified. Today, due to the development of next-generation sequencing methods and computational algorithms, it is possible to obtain relatively good quality genome drafts even for non-model species, and this represents the basis for performing ecological and evolutionary studies at the whole-genome level. Sakrij dio sažetka Ključne riječi
Octopus vulgaris
genom
sekvenciranje
kromosom
Ključne riječi (engleski)
Octopus vulgaris
genome
sequencing
chromosome
Jezik hrvatski URN:NBN urn:nbn:hr:226:289671 Studijski program Naziv: Biologija i tehnologija mora Vrsta resursa Tekst Način izrade datoteke Izvorno digitalna Prava pristupa Pristup korisnicima matične ustanove Uvjeti korištenja Datum i vrijeme pohrane 2025-02-25 09:30:53
