prikaz prve stranice dokumenta Generiranje dugačkih palindroma u genu ADE2 pomoću programa Synonymous codon shuffler
Pristup korisnicima matične ustanove
završni rad
Generiranje dugačkih palindroma u genu ADE2 pomoću programa Synonymous codon shuffler
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2012. urn:nbn:hr:159:026253
Lončar, Ana
Sveučilište u Zagrebu
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
Zavod za biokemijsko inženjerstvo
Laboratorij za biologiju i genetiku mikroorganizama

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta u Zagrebu

Citirajte ovaj rad

Lončar, A. (2012). Generiranje dugačkih palindroma u genu ADE2 pomoću programa Synonymous codon shuffler (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:026253

Lončar, Ana. "Generiranje dugačkih palindroma u genu ADE2 pomoću programa Synonymous codon shuffler." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2012. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:026253

Lončar, Ana. "Generiranje dugačkih palindroma u genu ADE2 pomoću programa Synonymous codon shuffler." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2012. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:026253

Lončar, A. (2012). 'Generiranje dugačkih palindroma u genu ADE2 pomoću programa Synonymous codon shuffler', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, citirano: 02.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:026253

Lončar A. Generiranje dugačkih palindroma u genu ADE2 pomoću programa Synonymous codon shuffler [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet; 2012 [pristupljeno 02.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:026253

A. Lončar, "Generiranje dugačkih palindroma u genu ADE2 pomoću programa Synonymous codon shuffler", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb, 2012. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:026253

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:026253
Podaci o radu
NaslovGeneriranje dugačkih palindroma u genu ADE2 pomoću programa Synonymous codon shuffler
Naslov (engleski)Generation of long palindromes in ADE2 gene by dint of computer program Synonymous codon shuffler
AutorAna Lončar
MentorIvan-Krešimir Svetec (mentor)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
(Zavod za biokemijsko inženjerstvo)
(Laboratorij za biologiju i genetiku mikroorganizama)
Zagreb
Datum i država obrane2012-07-25, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Biotehnologija
Sažetak
Palindromi su sekvencije DNA u kojima se dva obrnuta ponavljanja nalaze neposredno jedan do drugog. Drugim riječima, prva polovina palindroma komplementarna je drugoj polovini te stoga palindromi u DNA mogu tvoriti sekundarne strukture ukosnice ili križne strukture. Cilj ovoga rada bio je predložiti eksperimentalni sustav u kojem bi se mogla testirati hipoteza prema kojoj pojava navedenih sekundarnih struktura u nukleinskim kiselinama može omesti ekspresiju gena. U tu svrhu najprije je zamjenom položaja sinonimnih kodona in silico generirano 4∙106 permutiranih varijanti reporter gena ADE2, koji su po duljini, GC-sastavu i najvažnije, upotrebi kodona, bili identični ishodnoj sekvenciji. Iz ove populacije odabrana je varijanta gena ADE2 sa najduljim palindromom, na temlju koje je zatim predložen niz postupaka za njenu konstrukciju in vitro kao i eksperimentalni sustav za procjenu utjecaja prisutnosti dugačkog palindroma u genu ADE2 na razinu njegove ekspresije u kvascu Saccharomyces cerevisiae.
Sažetak (engleski)
Palindromes are DNA sequences in which two inverted repeats are directly linked one to another. In other words, the first half of the palindrome is complementary to the other half and as a consequence palindromic sequences can form secondary structures known as hairpins and crucifroms. The goal of this work was to suggest an experimental system for testing the hypothesis according to which these secondary structures can have negative impact on gene expression. First we have generated 4∙106 permutated variants of the ADE2 reporter gene in silico by shuffling synonymous codons. These permuted variants had the same length, GC-content, and most importantly, codon usage, as the original ADE2 gene. Permuted variant with the longest palindrome was chosen for subsequent steps in which procedures for its in vitro construction were proposed, along with an experimental system for testing the effect of the presence of a long palindrome on the level of expression of the reporter gene ADE2 in yeast Saccharomyces cerevisiae.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:159:026253
Studijski programNaziv: Biotehnologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka biotehnologije (univ. bacc. ing. biotechn)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2017-05-15 07:42:16