prikaz prve stranice dokumenta Deciphering the enzymatic mechanisms of short-chain dehydrogenase/reductase epimerases and decarboxylases
  Preuzmi
PDF 3.24 MB
diplomski rad
Deciphering the enzymatic mechanisms of short-chain dehydrogenase/reductase epimerases and decarboxylases
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2021. urn:nbn:hr:159:077009
Debanić, Fran
Sveučilište u Zagrebu
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
Zavod za biokemijsko inženjerstvo
Laboratorij za biokemijsko inženjerstvo, industrijsku mikrobiologiju i tehnologiju piva i slada

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta u Zagrebu

Citirajte ovaj rad

Debanić, F. (2021). Deciphering the enzymatic mechanisms of short-chain dehydrogenase/reductase epimerases and decarboxylases (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:077009

Debanić, Fran. "Deciphering the enzymatic mechanisms of short-chain dehydrogenase/reductase epimerases and decarboxylases." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:077009

Debanić, Fran. "Deciphering the enzymatic mechanisms of short-chain dehydrogenase/reductase epimerases and decarboxylases." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:077009

Debanić, F. (2021). 'Deciphering the enzymatic mechanisms of short-chain dehydrogenase/reductase epimerases and decarboxylases', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, citirano: 24.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:077009

Debanić F. Deciphering the enzymatic mechanisms of short-chain dehydrogenase/reductase epimerases and decarboxylases [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet; 2021 [pristupljeno 24.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:077009

F. Debanić, "Deciphering the enzymatic mechanisms of short-chain dehydrogenase/reductase epimerases and decarboxylases", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb, 2021. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:077009

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:077009
Podaci o radu
NaslovDeciphering the enzymatic mechanisms of short-chain dehydrogenase/reductase epimerases and decarboxylases
Naslov (hrvatski)Istraživanje reakcijskih mehanizama kratkolančanih dehidrogenaza/reduktaza epimeraza i dekarboksilaza
AutorFran Debanić
MentorAnita Slavica (mentor)
Član povjerenstvaMirela Ivančić Šantek (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
(Zavod za biokemijsko inženjerstvo)
(Laboratorij za biokemijsko inženjerstvo, industrijsku mikrobiologiju i tehnologiju piva i slada)
Zagreb
Datum i država obrane2021-07-23, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Biotehnologija
Sažetak
UDP-GlcA methyl ester, a substrate analogue for short-chain dehydrogenase/reductase epimerases and decarboxylases - human UDP-Xylose synthase (UXS), UDP-Apiose/Xylose synthase (UAXS) and UDP-glucuronic acid 4-epimerase (UGAepi), was successfully synthesized and purified and thus enabled investigation of their enzymatic mechanisms. The three enzymes were expressed in E. coli and purified to homogeneity. Both decarboxylases (UXS and UAXS) converted UDP-GlcA methyl ester (0.71 U/mg and 0.03 U/mg, respectively) in a comparable manner to conversion of their natural substrate - UDP-glucuronic acid (UDP-GlcA, 1.6 U/mg and 0.15 U/mg, respectively). Newly established methanol assay proved that the two decarboxylases hydrolyze the ester before the decaborxylation reaction while UGAepi does not perform the hydrolysis. UGAepi epimerizes faster the substrate analogue (0.65 U/mg) than the natural substrate (0.53 U/mg). Additionally, gene encoding UAXS from Geminococcus roseus was successfully expressed in E. coli and resulting enzyme (GrUAXS) posses’ lower activity towards UDP-GlcA (2.1 mU/mg) than it's mutant (S120C; 12.3 mU/mg) supporting the importance of cysteine residue in the active site of the enzyme.
Sažetak (hrvatski)
UDP-GlcA metil ester, analog supstrata za kratkolančane dehidrogenaze/redukataze epimeraze i dekarboksilaze - humanu UDP-ksiloza sintazu (UXS), UDP-apioza/ksiloza sintazu (UAXS) i UDP-glukuronska kiselina 4-epimerazu (UGAepi), uspješno je sintetiziran i pročišćen, čime je omogućeno istraživanje enzimskih mehanizama ovih katalizatora. Tri enzima su eksprimirana u stanicama E. coli i pročišćena. Obje dekarboksilaze (UXS and UAXS) su konvertirale UDP-GlcA metil ester (redom 0.71 U/mg i 0.03 U/mg) slično konverziji njihova prirodnog supstrata - UDP- glukuronske kiseline (UDP-GlcA, redom 1.6 U/mg i 0.15 U/mg). Pomoću novoustanovljene metode za određivanje metanola utvrđeno je da dvije dekarboksilaze hidroliziraju ester prije reakcije dekarboksilacije, dok UGAepi ne provodi hidrolizu estera. UGAepi brže epimerizira analog supstrata (0.65 U/mg) nego svoj prirodni supstrat (0.53 U/mg). Dodatno, gen koji kodira UAXS iz Geminococcus roseus je uspješno eksprimiran u E. coli i dobiveni enzim (GrUAXS) ima nižu aktivnost prema UDP-GlcA (2.1 mU/mg) nego njegov mutant (S120C, 12.3 mU/mg), što podupire važnu ulogu cisteina u aktivnom mjestu ovoga enzima
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:159:077009
Studijski programNaziv: Bioprocesno inženjerstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka bioprocesnog inženjerstva (mag. ing. bioproc.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Imenovanje 4.0 međunarodna (CC BY 4.0)
Datum i vrijeme pohrane2021-10-05 10:41:08