prikaz prve stranice dokumenta Synthesis of mechanistic probes and mutational analysis of the sugar C4/C6 interactions in cytidine 5’-diphosphate-tyvelose 2-epimerase from Thermodesulfatator atlanticus
  Preuzmi
PDF 1.85 MB
diplomski rad
Synthesis of mechanistic probes and mutational analysis of the sugar C4/C6 interactions in cytidine 5’-diphosphate-tyvelose 2-epimerase from Thermodesulfatator atlanticus
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2021. urn:nbn:hr:159:652273
Merkaš, Magdalena
Sveučilište u Zagrebu
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
Zavod za biokemijsko inženjerstvo
Laboratorij za biokemijsko inženjerstvo, industrijsku mikrobiologiju i tehnologiju piva i slada

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta u Zagrebu

Citirajte ovaj rad

Merkaš, M. (2021). Synthesis of mechanistic probes and mutational analysis of the sugar C4/C6 interactions in cytidine 5’-diphosphate-tyvelose 2-epimerase from Thermodesulfatator atlanticus (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:652273

Merkaš, Magdalena. "Synthesis of mechanistic probes and mutational analysis of the sugar C4/C6 interactions in cytidine 5’-diphosphate-tyvelose 2-epimerase from Thermodesulfatator atlanticus." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:652273

Merkaš, Magdalena. "Synthesis of mechanistic probes and mutational analysis of the sugar C4/C6 interactions in cytidine 5’-diphosphate-tyvelose 2-epimerase from Thermodesulfatator atlanticus." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:652273

Merkaš, M. (2021). 'Synthesis of mechanistic probes and mutational analysis of the sugar C4/C6 interactions in cytidine 5’-diphosphate-tyvelose 2-epimerase from Thermodesulfatator atlanticus', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, citirano: 20.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:652273

Merkaš M. Synthesis of mechanistic probes and mutational analysis of the sugar C4/C6 interactions in cytidine 5’-diphosphate-tyvelose 2-epimerase from Thermodesulfatator atlanticus [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet; 2021 [pristupljeno 20.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:652273

M. Merkaš, "Synthesis of mechanistic probes and mutational analysis of the sugar C4/C6 interactions in cytidine 5’-diphosphate-tyvelose 2-epimerase from Thermodesulfatator atlanticus", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb, 2021. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:652273

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:652273
Podaci o radu
NaslovSynthesis of mechanistic probes and mutational analysis of the sugar C4/C6 interactions in cytidine 5’-diphosphate-tyvelose 2-epimerase from Thermodesulfatator atlanticus
Naslov (hrvatski)Sinteza mehanističkih proba i mutacijska analiza C4/C6 interakcija ugljikohidrata i citidin 5'-difosfat tiveloze 2-epimeraze iz Thermodesulfatator atlanticus
AutorMagdalena Merkaš
MentorAnita Slavica (mentor)
Član povjerenstvaRenata Teparić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
(Zavod za biokemijsko inženjerstvo)
(Laboratorij za biokemijsko inženjerstvo, industrijsku mikrobiologiju i tehnologiju piva i slada)
Zagreb
Datum i država obrane2021-07-27, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Biotehnologija
Sažetak
Mechanistic probes for investigation of CDP-Tyvelose 2-Epimerase - like enzyme from Thermodesulfatator atlanticus (TaCPa2E) activity were synthesized. CDP-Lyxose, the mechanistic probe for characterization of C6 interaction with TaCPa2E, was obtained by using chemical approach while CDP-4-Fluoro-4-deoxy-D-Glucose, the mechanistic probe for studying C4 interaction with the enzyme, was yielded by using enzymatic anomeric approach. The later substrate was produced after galactokinase from Streptococcus pneumoniae (GalKSpe4) and UDP-glucose pyrophosporylase from Bifidobacterium longum (UGPase), were produced in E. coli, purified, and therefrom used in the manufacturing of the substrate. Active mutants of TaCPa2E - G206A and D204E were created and used in characterization of the C4/C6 interactions. The highest specific activity towards CDP-Lyxose was determined for wild-type TaCPa2E (0.27 U/ml) and for the two mutants - G206A (0.50 U/ml) and D204E (0.41 U/ml), while CDP-Mannose seems to be better accepted by all three variants (0.02 U/ml for all three forms of the enzyme) than CDP-Glucose. TaCPa2E showed more affinity towards C5 CDP-activated substrate than towards CDP-activated hexoses. Further research might shed more light on CDP-Glucose - and CDP-4-Fluoro-4-deoxy-D-Glucose - enzyme interactions.
Sažetak (hrvatski)
Sintetizirane su mehnističke probe za istraživanje aktivnosti enzima sličnog CDP-Tiveloza 2-Epimerazi iz Thermodesulfatator atlanticus (TaCPa2E). CDP-liksoza, mehanistička proba za karakterizaciju C6 interakcije supstrata s TaCPa2E je dobivena kemijskom sintezom, dok je CDP-4-Fluoro-4-deoksi-D-glukoza, mehanistička proba za istraživanje C4 interakcije supstrata s enzimom, dobivena enzimskom sintezom. Ovaj drugi supstrat je proizveden nakon što su galaktokinaza iz Streptococcus pneumoniae (GalKSpe4) i UDP-glukoza pirofosforilaza iz Bifidobacterium longum (UGPase) sintetizirane u E. coli, pročišćene i onda korištene u proizvodnji ovoga supstrata. Aktivni mutanti TaCPa2E - G206A i D204E također su sintetizirani i korišteni za karakterizaciju C4/C6 interakcija. Najveću specifičnu aktivnost prema CDP-liksozi pokazali su divlji tip TaCPa2E (0.27 U/ml) i dva mutanta - G206A (0.50 U/ml) i D204E (0.41 U/ml), dok je CDP-manoza bolje prihvaćena kao susptrat kod sva tri enzima (0.02 U/ml za sve tri forme ovoga enzima) od CDP-glukoze. Ustanovljeno je da TaCPa2E pokazuje bolju aktivnost prema C5 CDP-aktiviranom supstratu nego prema CDP-aktiviranim heksozama. Potrebna su daljnja istraživanja kako bi se bolje pojasnile interakcije CDP-glukoze i CDP-4-Fluoro-4-deoksi-D-glukoze s ovim enzimom.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:159:652273
Studijski programNaziv: Molekularna biotehnologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka molekularne biotehnologije (mag. ing. biotechn.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2021-10-05 11:50:32