prikaz prve stranice dokumenta Optimizacija i usporedba algoritama za sravnjivanje kratkih sekvencija prote
Pristup korisnicima matične ustanove
diplomski rad
Optimizacija i usporedba algoritama za sravnjivanje kratkih sekvencija prote
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2015. urn:nbn:hr:159:001355
Tomasović, Ante
Sveučilište u Zagrebu
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
Zavod za biokemijsko inženjerstvo
Kabinet za bioinformatiku

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta u Zagrebu

Citirajte ovaj rad

Tomasović, A. (2015). Optimizacija i usporedba algoritama za sravnjivanje kratkih sekvencija prote (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:001355

Tomasović, Ante. "Optimizacija i usporedba algoritama za sravnjivanje kratkih sekvencija prote." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:001355

Tomasović, Ante. "Optimizacija i usporedba algoritama za sravnjivanje kratkih sekvencija prote." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:001355

Tomasović, A. (2015). 'Optimizacija i usporedba algoritama za sravnjivanje kratkih sekvencija prote', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, citirano: 29.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:001355

Tomasović A. Optimizacija i usporedba algoritama za sravnjivanje kratkih sekvencija prote [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet; 2015 [pristupljeno 29.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:001355

A. Tomasović, "Optimizacija i usporedba algoritama za sravnjivanje kratkih sekvencija prote", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb, 2015. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:001355

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:001355
Podaci o radu
NaslovOptimizacija i usporedba algoritama za sravnjivanje kratkih sekvencija prote
Naslov (engleski)Optimization and comparison of algorithms for aligning of short protein sequences
AutorAnte Tomasović
MentorAntonio Starčević (mentor)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
(Zavod za biokemijsko inženjerstvo)
(Kabinet za bioinformatiku)
Zagreb
Datum i država obrane2015-07-20, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Biotehnologija
Sažetak
Razvojem novih metoda sekvencioniranja DNA i proteina, došlo je do naglog porasta broja podataka pohranjenih u javno dostupnim bazama. Glavninu tih podataka čine upravo nukleotidne i aminokiselinske sekvencije. Ključ pretraživanja rastućih baza podataka je u razvoju programa koji mogu brzo pretražiti i usporediti sekvencu upita sa sekvencama iz baze podataka. Najpopularniji takav program je BLAST, kojem se može pristupiti mrežno ili ga se može koristiti lokalno. BLAST kao takav nije dizajniran da pretražuje kratke peptidne sekvence (manje od 20 aminokiselina) ali ga se može koristiti u tu svrhu. Cilj ovog diplomskog rada jest usporedba rezultata pretraživanja kratkih aminokiselinskih sekvencija uz pomoć dva raspoloživa programska alata, riječ je o gore spomenutom BLAST-u i njegovoj alternativi nazvanoj RAPSearch2. U radu se uspoređivala brzina pretraživanja i preciznost pojedinog programa kako bi se ustvrdilo koji je program prikladniji u svrhu pretrage kratkih peptidnih sekvenci iz velikih baza podataka.
Sažetak (engleski)
With the development of new methods for DNA and protein sequencing, there has been a rise in the number and quantity of known DNA and protein sequences. The key for searching through the large databases that contain those sequences is in the development of programs that can quickly compare a query sequence with those contained in a database. The most popular program for such a purpose is BLAST, which can be accessed by internet or it can be installed and accessed locally. The goal of the thesis was to compare the results of the search containing short protein sequences as query and carried out by two bioinformatic tools, namely BLAST and RAPSearch2. The speed of the search and the precision of the results obtained were compared in both cases. The purpose of this work was to find out which program is more suitable for querying short protein sequences against a large database.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:159:001355
Studijski programNaziv: Molekularna biotehnologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka molekularne biotehnologije (mag. ing. biotechn.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2017-04-28 12:52:20